2026년부터 통합고용세액공제의 고용감소에 따른 추징 규정이 폐지되었습니다.
그렇다면 2025년에 고용을 늘려 세액공제를 받은 기업도 2026년에 직원 수가 감소하면 세금을 다시 납부하지 않아도 될까요?
그렇지 않습니다. 2026년 개정 규정이 적용되는 공제분과 종전 규정이 적용되는 공제분은 구분해야 합니다.
2026년 개정 통합고용세액공제에서는 고용이 감소하더라도 이미 공제받은 세액을 종전 방식으로 추징하지 않습니다. 대신 실제 유지된 고용증가 인원을 기준으로 후속 공제액을 계산합니다.
그러나 2024년 또는 2025년에 발생한 고용증가분은 경과규정에 따라 종전의 사후관리 의무가 계속 적용될 수 있습니다.
2026년 통합고용세액공제의 추징 규정 폐지는 모든 과거 공제분에 소급 적용되지 않으며, 2024·2025년 고용증가분에는 종전 규정에 따른 추징 위험이 남아 있습니다.
▶ 고용이 감소하면 세액공제를 다시 납부해야 했던 이유
통합고용세액공제는 상시근로자 수를 늘린 기업에 법인세 또는 소득세 공제 혜택을 제공하는 제도입니다.
2025년까지 적용되던 종전 규정에서는 고용증가에 대한 세액공제를 받은 이후에도 일정 기간 고용을 유지해야 했습니다.
상시근로자 수가 감소하면 공제받은 세액에 상당하는 금액을 추가로 납부해야 하는 사후관리 규정이 있었기 때문입니다.
예를 들어 12월 결산 중소기업의 상시근로자 수가 다음과 같이 변동했다고 가정하겠습니다.
- 2024년: 18명
- 2025년: 22명
- 2026년: 20명
2025년에는 직전 연도보다 상시근로자 수가 4명 증가했습니다.
해당 기업이 2025년 고용증가분에 대해 통합고용세액공제를 적용받았다면, 2026년에는 상시근로자 수가 2명 감소했으므로 종전 사후관리 규정에 따른 추가 납부 여부를 검토해야 합니다.
여기서 중요한 사실은 2026년의 상시근로자 수가 2024년보다 여전히 많다는 점입니다.
그럼에도 직전 공제연도 대비 고용이 감소했다는 사실이 종전 규정상 사후관리 문제로 이어질 수 있습니다.
다만 실제 추가 납부세액은 최초 공제연도, 감소 인원, 청년등상시근로자 구성 및 종전 법령의 계산방법 등을 반영하여 산정해야 합니다.
▶ 2026년 개정 규정은 무엇이 달라졌을까?
2026년 개정 규정에서는 기존의 사후관리 방식이 변경되었습니다.
가장 큰 변화는 다음 두 가지입니다.
첫째, 고용이 감소하더라도 개정 규정에 따라 이미 공제받은 세액을 종전 방식으로 추징하지 않습니다.
둘째, 고용이 유지된 기간에 따라 공제금액을 다르게 계산합니다.
조세특례제한법 제29조의8은 해당 과세연도와 직전 3개 과세연도의 상시근로자 수를 비교하도록 규정하고 있습니다.
개정 규정에 따른 공제금액은 기본적으로 다음과 같이 구분됩니다.
- 1년 차: 직전 과세연도 대비 증가 인원
- 2년 차: 직전·전전 과세연도와 비교하여 유지된 증가 인원
- 3년 차: 직전 3개 과세연도와 비교하여 유지된 증가 인원
다만 전전·전전전 과세연도를 비교할 때에는 2024년 12월 31일 이전에 개시한 과세연도를 제외하며, 대기업의 경우 3년 차 기본공제가 없습니다.
이러한 방식은 고용이 감소했을 때 과거 공제세액을 반환하는 것보다 실제 유지된 고용에 대해 계속 혜택을 제공하는 데 초점을 맞추고 있습니다.
▶ 2026년에 4명 증가하고 2027년에 2명 감소했다면?
실제 계산구조를 이해하기 위해 간단한 사례를 살펴보겠습니다.
수도권 중소기업의 청년등상시근로자를 제외한 일반 상시근로자 수가 다음과 같이 변동했다고 가정하겠습니다.
- 2025년: 20명
- 2026년: 24명
- 2027년: 22명
2026년을 최초 공제연도로 하는 개정 규정을 적용하며, 2025년에는 별도의 공제대상 고용증가가 없었다고 가정합니다.
모든 인원은 법령에 따라 계산한 연평균 상시근로자 수이며, 공제한도 등 다른 제한은 고려하지 않겠습니다.
2026년: 최초 고용증가 4명
직전 과세연도보다 상시근로자가 4명 증가했습니다.
수도권 중소기업의 일반 상시근로자 1년 차 공제금액은 1인당 400만 원입니다.
따라서 기본공제 계산액은 다음과 같습니다.
4명 × 400만 원 = 1,600만 원
2027년: 고용인원 2명 감소
2027년에는 상시근로자 수가 24명에서 22명으로 감소했습니다.
그러나 개정 규정에서는 2026년에 적용받은 1,600만 원을 고용감소만을 이유로 다시 납부하지 않습니다.
대신 2027년의 후속 공제대상 인원을 다시 계산합니다.
2년 차 공제인원은 2026년과 2027년의 상시근로자 수 중 작은 인원에서 2025년 상시근로자 수를 차감합니다.
22명 - 20명 = 2명
수도권 중소기업 일반 상시근로자의 2년 차 공제액은 1인당 900만 원입니다.
따라서 2027년의 2년 차 기본공제 계산액은 다음과 같습니다.
2명 × 900만 원 = 1,800만 원
2027년에는 직전 연도 대비 순증가 인원이 없으므로 새로운 1년 차 공제는 발생하지 않는다는 전제입니다.
즉, 상시근로자가 2명 감소했는데도 2027년에 후속 공제액이 발생할 수 있습니다.
그 이유는 개정 규정이 최초 증가한 인원 중 실제 유지된 증가분에 대해 연차별 공제액을 적용하기 때문입니다.
2026년 개정 규정에서는 고용이 감소해도 과거 공제액을 반환하는 방식이 아니라, 유지된 증가 인원을 기준으로 이후 공제액을 조정합니다.
▶ 2025년 공제분에 2026년 추징 폐지 규정을 적용하면 안 되는 이유
가장 중요한 예외는 개정 법률의 부칙에 있습니다.
2025년 12월 23일 개정된 조세특례제한법(법률 제21223호) 부칙 제34조는 통합고용세액공제에 관한 경과조치를 규정하고 있습니다.
해당 규정에 따르면 2024년 12월 31일 또는 2025년 12월 31일이 속하는 과세연도에 상시근로자 수가 증가한 경우, 일정 기간의 세액공제와 공제받은 세액에 상당하는 금액의 납부 등에 관하여 종전 규정을 적용합니다.
경과조치가 적용되는 기간은 해당 고용증가 과세연도와 그 종료일부터 1년이 되는 날이 속하는 과세연도까지이며, 중소기업과 중견기업은 2년입니다.
따라서 12월 결산법인을 기준으로 다음과 같이 이해할 수 있습니다.
- 2024년 고용증가분: 중소·중견기업은 2026년까지 종전 규정에 따른 공제 및 사후관리 적용 가능
- 2025년 고용증가분: 중소·중견기업은 2027년까지 종전 규정에 따른 공제 및 사후관리 적용 가능
- 2026년 최초 공제연도 증가분: 개정 규정에 따른 고용유지 인원 및 연차별 공제방식 적용
기업 규모와 실제 적용연도에 따라 기간이 달라질 수 있습니다.
중요한 것은 법령이 개정되었다는 이유만으로 이미 공제받은 금액의 사후관리 의무가 없어지는 것은 아니라는 점입니다.
2025년 고용증가분에 대해 종전 규정으로 세액공제를 받았다면, 2026년 이후에도 법률 제21223호 부칙 제34조에 따른 경과조치를 반드시 확인해야 합니다.
▶ 과거 공제분과 개정 공제분이 함께 존재하면 어떻게 관리해야 할까?
실무적으로는 하나의 법인에 서로 다른 두 종류의 통합고용세액공제 내역이 존재할 수 있습니다.
예를 들어 2025년 고용증가분에 대한 종전 공제가 남아 있으면서, 2026년 이후 별도 증가분에 대해 개정 공제를 적용하는 상황입니다.
이 경우 모든 공제세액을 하나로 합산하여 관리하면 오류가 발생할 수 있습니다.
종전 공제분과 개정 공제분은 각각 적용 법령과 계산방식이 다르기 때문입니다.
종전 공제분에서는 최초 공제연도와 사후관리 기간, 상시근로자 감소 여부 및 추가 납부세액을 확인해야 합니다.
개정 공제분에서는 직전 과세연도뿐 아니라 전전·전전전 과세연도의 상시근로자 수를 비교하고, 고용증가분이 몇 년간 유지되었는지 계산해야 합니다.
특히 전체 상시근로자뿐 아니라 청년등상시근로자와 그 외 상시근로자를 구분하여 계산해야 합니다.
실제 신고자료를 작성할 때에는 국세청의 통합고용세액공제 공제세액계산서와 과거 공제명세서를 함께 확인하는 것이 좋습니다.
▶ 2026년 법인세 결산에서 반드시 확인해야 할 자료
세무담당자는 통합고용세액공제 계산 전에 과거 공제이력부터 확인해야 합니다.
- 연도별 공제이력
- 2024년과 2025년의 최초 공제분을 확인하고, 각 공제분에 적용되는 법령과 사후관리 종료연도를 정리합니다.
- 상시근로자 수 변동
- 최근 과세연도의 전체 상시근로자 수 및 청년등상시근로자 수를 구분하여 확인합니다. 실제 근로기간 1년 요건과 근무개월 수 계산도 적용해야 합니다.
- 종전 공제분의 추가 납부 여부
- 과거 최초 공제분에 대해 고용감소가 발생했다면 종전 규정에 따른 추가 납부세액을 검토합니다.
- 개정 공제분의 후속 공제액
- 직전 3개 과세연도의 증가 인원과 고용유지 인원을 비교합니다. 중견기업과 대기업은 최소고용증가인원 요건도 별도로 확인해야 합니다.
- 신고 및 공제한도
- 계산한 세액공제액에 대해 최저한세, 이월공제 및 다른 조세특례와의 중복 적용 제한 등을 추가로 검토합니다.
통합고용세액공제는 2026년부터 고용유지 기간을 중심으로 계산하는 제도로 개편되었습니다.
하지만 기존 공제분에 대한 사후관리 의무가 모두 사라진 것은 아닙니다.
따라서 2026년 법인세 결산에서는 현재 상시근로자 수만 확인하기보다, 각 고용증가분의 최초 공제연도부터 구분하는 것이 중요합니다.
※ 본문은 2026년 10월 기준 조세특례제한법령을 바탕으로 작성한 일반적인 설명입니다. 실제 세액공제액과 추가 납부세액은 기업 규모, 근로자 구성, 공제이력 및 구체적인 사실관계에 따라 달라질 수 있습니다.
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