철 스크랩을 사기 전에 거래처에 선급금을 먼저 보냈는데, 스크랩등거래계좌가 아닌 일반계좌를 사용했다면 어떻게 해야 할까요? 이후 실제 매입이 발생했을 때 선급금에서 공급가액을 차감하고 부가가치세만 전용계좌에 넣는 방식은 안전하지 않습니다.
핵심은 선급금이라는 이름보다 그 돈이 실제 스크랩 대금의 결제에 사용됐는지입니다. 일반계좌로 보낸 선급금을 실제 매입대금과 상계하면 전용계좌를 거치지 않고 스크랩 가액을 결제한 것으로 문제될 수 있고, 단순히 부가가치세만 전용계좌에 넣었다고 해결되는 것도 아닙니다.
핵심은 선급금을 언제 보냈느냐보다 스크랩 대금으로 충당했느냐다
조세특례제한법 제106조의9에 따르면 스크랩등사업자가 다른 스크랩등사업자로부터 스크랩을 공급받으면 스크랩등거래계좌를 사용해야 합니다.
이때 공급가액에 해당하는 스크랩의 가액은 공급자에게 지급하고, 부가가치세액은 지정된 금융기관을 통해 별도로 납부되는 구조입니다. 현행 규정은 스크랩을 공급받은 날과 세금계산서를 발급받은 날을 기준으로 부가가치세액 입금기한도 정하고 있습니다.
따라서 돈을 먼저 보냈다는 사실만 놓고 판단하기보다는 그 선급금이 나중에 어떤 거래에 충당되는지를 봐야 합니다.
예를 들어 거래처에 3억원을 일반계좌로 선급해 두고, 이후 철 스크랩 8천만원을 매입하면서 별도의 대금 지급 없이 선급금에서 8천만원을 차감했다면 문제가 됩니다. 경제적으로는 일반계좌로 지급했던 돈 8천만원이 이번 스크랩의 공급대금으로 결제된 것이기 때문입니다.
국세청의 기존 해석에서도 스크랩 거래의 채권·채무는 단순히 상계하지 않고 거래계좌를 통해 수수하는 방식으로 처리하며, 선수금을 받는 경우에도 전용계좌와 세금계산서 발급·정산을 연계하도록 설명하고 있습니다.
부가가치세만 전용계좌에 넣을 수 있는 경우는 따로 정해져 있다

스크랩 거래에서는 원칙적으로 공급가액과 부가가치세를 매입자 납부특례 구조에 맞게 처리해야 합니다.
예외적으로 공급가액은 다른 방식으로 결제하고 부가가치세액만 전용계좌에 넣을 수 있는 경우가 있는데, 시행령이 그 방법을 별도로 정하고 있습니다.
• 환어음·판매대금추심의뢰서, 기업구매전용카드 등 일정한 기업구매자금 결제수단
• 외상매출채권담보대출·구매론·네트워크론
• 전자채권
• 외국환은행을 통한 외화 지급 또는 민법상 공탁 등
따라서 단순히 “공급가액은 이미 일반계좌 선급금으로 줬으니 부가세만 스크랩계좌로 보내겠다”는 것은 이 예외에 해당하지 않습니다.
국세청도 공급가액은 일반적인 방법으로 결제하고 부가가치세만 스크랩거래계좌로 결제한 사례에서 매출자와 매입자 모두에게 전용계좌 미사용 가산세가 적용된다고 안내하고 있습니다.
일반계좌 선급금을 그대로 상계하면 10% 가산세가 문제된다
조세특례제한법 제106조의9 제6항은 스크랩등거래계좌를 사용하지 않고 스크랩의 가액을 결제받은 경우 공급자와 공급받는 사업자에게 제품가액의 10%를 가산세로 징수하도록 규정하고 있습니다.
앞의 사례에서 선급금 3억원 가운데 이번 철 스크랩 공급가액 8천만원을 일반계좌 선급금과 상계했다면, 이번 거래에서 전용계좌를 거치지 않은 제품가액이 무엇인지가 중요합니다.
국세청 FAQ의 계산방식대로라면 공급가액 8천만원이 전용계좌 밖에서 결제된 거래라면 10%인 800만원의 가산세가 공급자와 매입자 각각에게 문제될 수 있습니다. 국세청 역시 공급가액 3천만원을 전용계좌 밖에서 결제하고 부가세 300만원만 전용계좌로 납부한 사례에서 양쪽 사업자에게 각각 300만원의 가산세가 적용된다고 안내합니다.
다만 일반계좌에 지급된 선급금이 3억원이라고 해서 그 순간 선급금 전액에 곧바로 10%가 부과된다고 단정할 것은 아닙니다. 법에서는 전용계좌를 사용하지 않고 결제받은 스크랩의 제품가액을 기준으로 제재하므로, 실제로 어느 금액이 어떤 스크랩 거래에 충당·상계되었는지를 확인해야 합니다.
이미 일반계좌로 선급금을 보냈다면 거래 전에 결제구조를 바로잡는 것이 안전하다
아직 실제 스크랩 공급과 대금정산이 이루어지지 않았다면, 일반계좌에 지급한 선급금 중 해당 거래에 충당할 금액을 돌려받고 정상적인 스크랩등거래계좌를 통해 다시 결제하는 방식을 우선 검토하는 것이 안전합니다.
여기서 한 가지 더 주의해야 합니다. 매입자의 일반 사업용계좌에서 매출자의 스크랩전용계좌로 돈을 직접 보내는 것만으로도 부족할 수 있습니다.
국세청은 매입자의 일반계좌에서 매출자의 전용계좌로 송금하면 매입자 납부거래로 인식되지 않으므로, 매입자의 전용계좌를 통해 이체해야 한다고 안내하고 있습니다. 결국 양쪽 계좌 구조까지 제대로 갖추어야 합니다.
반대로 이미 스크랩을 공급받고 일반계좌 선급금과 상계까지 끝난 뒤라면 사후에 같은 금액을 전용계좌로 한 번 더 이체한다고 해서 이미 발생한 전용계좌 미사용 문제가 자동으로 없어지는 것으로 단정하기 어렵습니다. 이 경우에는 최초 선급금의 성격, 실제 상계 시점, 세금계산서 발급시기와 자금흐름을 함께 확인할 필요가 있습니다.
부가세 입금 지연은 10% 가산세와 별도로 관리해야 한다
스크랩 거래에서는 공급가액 결제방식과 부가가치세 입금의무를 따로 살펴야 합니다.
전용계좌를 사용하지 않고 제품가액을 결제하면 앞서 본 10% 가산세가 문제가 되고, 부가가치세액을 정해진 기한까지 입금하지 않으면 별도의 지연입금 가산액이 발생할 수 있습니다.
현재 국세청 안내 기준으로는 부가가치세액 입금기한 다음 날부터 실제 입금일까지 1일당 지연입금액의 10만분의 22가 적용되며, 계산기간은 부가가치세 신고기한을 한도로 합니다.
더 중요한 것은 매입세액 공제입니다. 조세특례제한법은 매입자가 부가가치세액을 입금하지 않은 경우 해당 세금계산서의 세액을 공제되는 매입세액으로 보지 않도록 규정하고 있습니다. 특히 국세청 법령해석은 예정·확정신고기한이 지난 뒤에 부가가치세를 입금한 경우 그 세금계산서의 매입세액을 공제할 수 없다고 명확히 보고 있습니다.
선급금 계약 단계부터 스크랩거래계좌를 기준으로 설계해야 한다
스크랩 거래에서 가장 위험한 방식은 일단 일반계좌로 돈을 주고받은 뒤 실제 매입이 생기면 회계상 선급금만 차감하는 것입니다. 일반적인 상품거래에서는 익숙한 처리일 수 있지만, 매입자 납부특례가 적용되는 스크랩에서는 자금의 실제 이동경로 자체가 세무요건이 됩니다.
따라서 선급금을 자주 사용하는 거래라면 처음부터 스크랩등거래계좌를 통해 자금을 주고받도록 계약과 지급절차를 설계하고, 공급가액 확정 후 과부족액도 전용계좌를 통해 정산하는 것이 좋습니다.
실무적으로는 세금계산서만 정확하게 발급됐는지를 확인하는 것으로 끝나지 않습니다. 누구의 계좌에서 누구의 계좌로 돈이 이동했는지, 공급가액과 부가가치세가 각각 어떤 경로로 처리됐는지까지 확인해야 스크랩 매입자 납부특례 리스크를 막을 수 있습니다.
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