기업부설연구소에서 실제 연구개발업무를 수행하는 임원이라면 급여를 연구·인력개발비 세액공제 대상에 포함할 수 있을까요?
연구업무에 전념하는 임원이라도 주주 지위와 특수관계에 따라 인건비가 세액공제 대상에서 제외될 수 있습니다. 특히 회사 지분율이 10%를 넘지 않는다고 해서 반드시 공제가 가능한 것은 아닙니다.
「조세특례제한법 시행규칙」 제7조 제3항은 일정한 주주인 임원을 공제대상 연구인력의 범위에서 제외하기 때문입니다.
따라서 연구소장이나 임원 연구원의 인건비를 검토한다면 개인 지분율뿐 아니라 지배주주 해당 여부, 특수관계, 주식매수선택권까지 확인해야 합니다.
▶ 연구소장도 연구·인력개발비 세액공제 대상이 될 수 있을까?
연구소장이라는 직책이나 임원이라는 신분만으로 연구·인력개발비 세액공제가 제한되는 것은 아닙니다.
「조세특례제한법」 제10조와 같은 법 시행령 제9조 및 별표 6에서는 일정한 연구개발활동에 지출한 인건비 등을 세액공제 대상으로 규정하고 있습니다.
연구인력의 경우에는 인정받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서에서 실제로 연구업무를 수행하는지 확인해야 합니다.
다만 법령상 공제대상 인력인지 판단할 때는 다음 사항을 구분해야 합니다.
- 연구소 또는 전담부서의 인정 여부
- 연구전담요원 등 법령상 대상 인력 해당 여부
- 실제 연구개발업무 수행 여부
- 주주인 임원에 대한 제외규정 해당 여부
연구소장으로 등록되어 있다는 사실과 인건비 세액공제 요건을 충족한다는 사실은 서로 다릅니다.
예를 들어 회사 조직도에는 연구소장으로 표시되어 있지만 실질적으로 경영관리나 영업업무를 주로 수행한다면 연구개발 인건비의 공제 가능성을 별도로 검토해야 합니다.
반대로 주주인 임원이 연구개발업무에 전념하고 있더라도 법령에서 정한 인적 제외요건에 해당한다면 해당 인건비는 세액공제 대상에서 제외됩니다.
▶ 지분율 10%만 확인하면 안 되는 세 가지 이유
2026년 10월 현재 「조세특례제한법 시행규칙」 제7조 제3항은 주주인 임원에 대해 세 가지 유형의 제외요건을 정하고 있습니다.
첫째, 주식매수선택권을 모두 행사하면 지분율이 10%를 초과하는 경우입니다.
현재 보유지분이 10% 이하이더라도 부여받은 주식매수선택권을 전부 행사했을 때 총발행주식의 10%를 초과하게 된다면 제외요건에 해당할 수 있습니다.
따라서 실제 행사된 주식 수만 확인하는 것으로는 충분하지 않습니다.
둘째, 지배주주등 또는 지분율 10% 초과 주주에 해당하는 경우입니다.
10% 초과 여부와 지배주주등 해당 여부는 서로 다른 판단기준입니다.
「법인세법 시행령」 제43조 제7항에서 정하는 지배주주등은 기본적으로 해당 법인 주식을 1% 이상 소유하면서, 특수관계인과의 합산 지분이 해당 법인의 주주등 가운데 가장 많은 경우의 주주등을 의미합니다.
따라서 연구소장 개인의 지분율이 10%보다 낮더라도 법령상 지배주주등에 해당할 수 있습니다.
셋째, 지배주주등이나 10% 초과 주주 등의 특수관계인에 해당하는 경우입니다.
시행규칙은 일정한 주요 주주와 특수관계에 있는 주주인 임원도 공제대상에서 제외하도록 규정하고 있습니다.
다만 시행규칙 제7조 제3항 제3호에는 일부 특수관계인에 대한 예외도 있으므로 실제 관계와 적용 조문을 함께 확인해야 합니다.
연구소장 개인의 지분율이 10% 이하라는 사실만으로 연구개발비 세액공제 대상 인건비라고 확정해서는 안 됩니다.
▶ 가족이 대주주라면 연구소장 급여는 어떻게 될까?
가상의 B법인이 기업부설연구소를 운영하고 있다고 가정하겠습니다.
B법인의 연구소장은 회사 주식 4%를 보유한 등기임원이며, 실제로 연구개발업무를 전담하고 있습니다.
그런데 연구소장의 배우자가 같은 회사 주식 26%를 보유하고 있습니다. 배우자는 회사 임원이 아닌 일반 주주입니다.
연구소장의 개인 지분율은 4%이므로 10%를 초과하지 않습니다.
그렇다고 인건비 세액공제가 가능하다고 결론 내릴 수 있을까요?
「조세특례제한법 시행규칙」 제7조 제3항 제3호에 따르면 일정한 주요 주주의 특수관계인에 해당하는 주주인 임원도 공제대상에서 제외됩니다.
이 사례에서는 26%를 보유한 배우자가 지분율 10% 초과 주주이고, 연구소장은 해당 주주의 배우자이면서 주주인 임원에 해당합니다.
별도의 법령상 예외가 적용되지 않는다면 연구소장은 인적 제외요건에 해당합니다.
연구원으로서 실제 연구업무를 수행했다는 사실만으로 해당 제외요건을 해소할 수는 없습니다.
국세청 역시 서면-2017-법인-2178(2017.11.29.)에서 10% 초과 주주의 배우자이면서 주주인 임원인 연구원의 공제대상 해당 여부에 대해 제외규정을 적용한 바 있습니다.
이는 공제 가능성을 판단할 때 본인 지분만 확인하는 것이 왜 위험한지 보여주는 사례입니다.
▶ 사업연도 중 지분관계가 바뀌었다면 어느 기간까지 공제할까?
임원 연구원의 주주관계나 지분율이 사업연도 중 변경되었다면 공제대상 여부가 달라진 시점을 확인해야 합니다.
국세청은 서면법규과-1017(2014.9.21.)에서 연구전담요원이자 임원이 사업연도 중 회사 주식을 취득하여 지분율이 10%를 초과한 경우, 제외사유 발생일 이전 기간에 상당하는 인건비는 세액공제 대상으로 인정할 수 있다고 해석했습니다.
이후 서면-2017-법인-2477(2017.12.8.)에서도 해당 해석을 재확인했습니다.
임원 연구원이 사업연도 중 지분율 10% 초과로 공제대상에서 제외되더라도, 제외사유 발생 전 기간의 적격 인건비까지 소급하여 공제대상에서 제외되는 것은 아닙니다.
따라서 법인세 결산 시에는 연말 주주명부만을 기준으로 연간 급여를 일괄 처리하기보다 자격 변동이 발생한 시점을 확인해야 합니다.
특히 주식 취득 외에 감자나 주식 소각 등으로 총발행주식수가 변동하는 경우에도 지분율이 달라질 수 있습니다.
다만 앞서 설명한 국세청 해석은 주식 취득으로 10%를 초과한 사안입니다. 주식 소각이나 다른 자본거래로 제외요건에 해당하게 된 경우에는 해당 거래의 법적 효력 발생일과 적용 가능성을 별도로 판단해야 합니다.
▶ 인건비 세액공제 제외와 법인세 손금불산입은 같은 의미일까?
두 가지는 구분해야 합니다.
연구·인력개발비 세액공제는 일정한 요건을 갖춘 비용에 대해 산출세액에서 법정 금액을 공제하는 제도입니다.
반면 법인세법상 손금 인정 여부는 법인이 지출한 인건비를 소득금액 계산에서 비용으로 인정할 수 있는지에 관한 문제입니다.
따라서 연구소장의 인건비가 연구·인력개발비 세액공제 대상에서 제외되었다고 해서 반드시 해당 급여 전액이 법인세법상 손금불산입되는 것은 아닙니다.
세액공제 적격 여부와 인건비 손금 인정 여부는 별도의 법률효과입니다.
다만 임원에 대한 보수가 과도하거나 법령상 급여지급기준을 초과하는 경우 등에는 「법인세법 시행령」 제43조에 따른 손금불산입 문제가 별도로 발생할 수 있습니다.
따라서 세무조정 시에는 연구·인력개발비 세액공제 명세와 법인세상 임원급여 손금 검토를 구분하는 것이 적절합니다.
▶ 법인세 결산 시 어떤 증빙을 남겨야 할까?
연구소장이나 주주인 임원의 인건비를 공제대상에 포함하려면 실제 업무 수행 증빙과 주주관계 증빙을 함께 확보해야 합니다.
실무적으로는 다음 순서로 확인하는 것이 좋습니다.
- 연구인력 적격성 확인: 기업부설연구소 인정서, 연구전담요원 현황, 인사발령내역, 실제 연구개발업무 수행자료를 확인합니다.
- 임원 및 주주 여부 확인: 임원 선임내역과 주주명부를 대조하여 해당 연구원이 주주인 임원에 해당하는지 확인합니다.
- 제외요건 확인: 직접 지분율, 지배주주등 해당 여부, 주식매수선택권 및 특수관계인을 검토합니다.
- 사업연도 중 변동내역 확인: 주식 취득·양도, 증자·감자, 주식 소각과 임원 선임·퇴임 시점을 확인합니다.
- 공제대상 인건비 산정: 적격기간에 해당하는 급여를 구분하고 상여금 등 추가 지급항목의 성격과 귀속기간을 검토합니다.
또한 인건비 중에는 퇴직소득, 퇴직급여충당금, 일정한 퇴직연금 부담금 등 세액공제 대상에서 제외되는 비용이 있으므로 금액 산정 단계에서도 별도 검토가 필요합니다.
연구개발비 세액공제 검토자료에는 연구업무 수행 여부뿐 아니라 주주관계와 제외사유 발생 시점을 입증하는 자료도 함께 보관하는 것이 좋습니다.
기업부설연구소 인건비 세액공제에서 중요한 것은 연구개발활동을 수행했다는 사실만이 아닙니다.
특히 임원 연구원의 경우에는 연구업무 적격성, 주주 및 특수관계, 인건비 발생기간이라는 세 가지 기준을 함께 검토해야 합니다.
이러한 구분이 이루어져야 공제대상 인건비의 과다계상뿐 아니라 적격한 인건비를 누락하는 문제도 예방할 수 있습니다.
※ 2026년 10월 17일 현재 시행 법령을 기준으로 작성하였으며, 과거 사업연도는 해당 기간에 적용되는 법령과 개정내용을 별도로 확인해야 합니다.
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