2026 통합고용세액공제 계산방법: 1·2·3년차 공제인원과 고용감소 처리

2026년 통합고용세액공제는 단순히 “올해 직원이 몇 명 늘었는가”만 계산하는 제도가 아닙니다.

 

2026년 12월 31일이 속하는 과세연도부터는 직전·전전·전전전 과세연도의 인원을 비교해 고용 증가가 얼마나 오래 유지됐는지에 따라 공제를 각각 계산합니다. 따라서 1년 차에 공제받은 인원과 2년 차·3년 차 공제인원이 반드시 같지도 않습니다.

 

이 구조를 이해하면 2026년 개정 통합고용세액공제가 훨씬 단순해집니다.

 

2026년부터는 ‘추가공제’보다 ‘유지된 증가인원’을 계산한다

종전 통합고용세액공제는 고용이 증가한 해에 기본공제를 적용한 뒤 일정 기간 추가공제를 적용하는 구조였습니다.

 

2026년부터는 계산방식 자체가 달라집니다. 조세특례제한법 제29조의8은 2026년 12월 31일이 속하는 과세연도부터 2028년 12월 31일이 속하는 과세연도까지 직전 3개 과세연도의 상시근로자 수를 비교하도록 규정하고 있습니다.

 

실무에서는 편의상 다음처럼 이해할 수 있습니다.

 

• 1년 차 공제: 직전 과세연도보다 늘어난 인원

 

• 2년 차 공제: 2년 전에 비해 늘어났고, 그 증가분이 2개 연도 동안 유지된 인원

 

• 3년 차 공제: 3년 전에 비해 늘어났고, 그 증가분이 3개 연도 동안 유지된 인원

 

여기서 중요한 것은 같은 직원을 3년 동안 추적해서 공제하는 방식이 아니라는 점입니다.

 

세법은 각 과세연도의 전체 상시근로자 수와 청년등상시근로자 수 등을 비교해 증가분을 계산합니다. 따라서 특정 직원이 퇴사했더라도 같은 구분의 근로자가 대체채용되어 전체 인원이 유지됐다면 계산 결과가 유지될 수 있습니다.

 

1년 차·2년 차·3년 차 공제인원은 이렇게 계산한다

2026 통합고용세액공제 계산방법

가장 헷갈리는 부분이 2년 차와 3년 차입니다.

 

1년 차는 비교적 단순합니다.

 

‘해당 연도 인원 - 직전 연도 인원’입니다.

 

반면 2년 차는 해당 연도와 직전 연도 중 더 적은 인원을 먼저 선택한 뒤 전전 연도 인원을 뺍니다.

 

3년 차는 해당 연도·직전 연도·전전 연도 가운데 가장 적은 인원을 선택하고 전전전 연도 인원을 뺍니다. 현재 통합고용세액공제 공제세액계산서의 작성방법도 같은 방식으로 증가인원을 계산하도록 되어 있습니다.

 

예를 들어 12월 결산 중소기업의 상시근로자가 다음과 같이 변했다고 가정해보겠습니다.

 

2025년 20명 → 2026년 24명 → 2027년 24명 → 2028년 24명

 

2026년에는 2025년보다 4명이 증가했으므로 1년 차 증가인원은 4명입니다.

 

2027년에는 2027년 24명과 2026년 24명 중 적은 수인 24명에서 2025년 20명을 빼므로 2년 차 증가인원도 4명입니다.

 

2028년에는 2028년·2027년·2026년이 모두 24명이므로 가장 적은 24명에서 2025년 20명을 뺀 4명이 3년 차 증가인원이 됩니다.

 

즉 최초 증가한 4명을 3년간 계속 유지했다면 각 연차 계산에서도 4명이 유지되는 구조입니다.

 

반대로 2027년에 상시근로자가 22명으로 줄었다면 2년 차 증가인원은 4명이 아니라 2명입니다.

 

24명이었던 최초 증가연도의 인원을 그대로 가져오는 것이 아니라 실제로 유지된 증가폭만 다음 연도 계산에 반영되는 것입니다.

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중소기업은 고용을 오래 유지할수록 1인당 공제금액도 커진다

증가인원뿐 아니라 1인당 공제금액도 연차별로 다릅니다.

 

2026년 이후 중소기업의 청년등상시근로자 공제금액은 다음과 같습니다.

 

• 수도권: 1년 차 700만원 → 2년 차 1,600만원 → 3년 차 1,700만원

 

• 수도권 밖: 1년 차 1,000만원 → 2년 차 1,900만원 → 3년 차 2,000만원

 

청년등상시근로자를 제외한 일반 상시근로자의 경우에는 다음과 같습니다.

 

• 수도권: 400만원 → 900만원 → 1,000만원

 

• 수도권 밖: 700만원 → 1,200만원 → 1,300만원

 

중견기업은 청년등상시근로자가 500만원·900만원·900만원, 그 외 상시근로자가 300만원·500만원·500만원입니다. 일반기업은 계산구조가 더 다릅니다. 공식 공제세액계산서에서도 기업규모와 근로자 구분별로 별도의 계산란을 두고 있습니다.

 

특히 중소기업이 아닌 기업에는 추가 조건도 있습니다.

 

시행령상 최소고용증가인원수는 중견기업 5명, 그 밖의 기업은 10명입니다. 따라서 비중소기업은 단순히 1명이나 2명이 증가했다고 중소기업과 동일한 방식으로 계산해서는 안 됩니다.

 

고용이 줄었다고 2026년 공제액을 바로 반환하는 것은 아니다

이번 개정에서 실무적으로 큰 변화 중 하나입니다.

 

종전에는 일정 기간 상시근로자가 감소하면 이미 적용받은 공제액을 다시 납부해야 하는 사후관리 규정이 있었습니다. 2025년 당시 법령에는 실제로 이러한 추징구조가 규정되어 있었습니다.

 

그러나 현행 조세특례제한법 제29조의8에서는 종전 사후관리 규정이었던 제3항이 삭제됐습니다.

 

따라서 2026년 이후 개정 기본공제에서는 고용이 줄었다는 이유만으로 앞서 받은 공제를 종전 방식으로 곧바로 되돌려 내는 구조가 아닙니다.

 

대신 감소한 인원만큼 2년 차·3년 차에 인정되는 증가인원이 줄어드는 방식으로 반영됩니다.

 

예를 들어 첫해에 4명 증가했지만 다음 해에 증가폭이 2명으로 축소됐다면 앞선 4명 공제를 단순히 반환하는 것이 아니라, 다음 연도의 2년 차 계산에서 실제 유지된 증가폭을 기준으로 다시 계산합니다.

 

다만 과거 과세연도에 적용한 세액공제까지 현재 규정을 소급해 판단해서는 안 됩니다. 2025년 이전 공제분은 그 당시 적용되던 법령과 사후관리 규정을 별도로 확인해야 합니다.

 

상시근로자 수부터 틀리면 연차 계산도 전부 틀어진다

연차별 계산공식보다 먼저 확인해야 하는 것이 있습니다. 바로 ‘상시근로자 수’ 자체입니다.

 

2026년 이후 시행령은 상시근로자에서 근로기간이 1년 미만인 근로자를 제외합니다. 단시간근로자 역시 원칙적으로 제외하지만 해당 과세연도의 월평균 근로시간이 60시간 이상인 경우에는 상시근로자에 포함될 수 있습니다. 임원, 최대주주와 일정한 친족 등도 제외대상입니다.

 

또한 현재 공제세액계산서에서는 상시근로자별로 해당 과세연도의 근무개월 수를 과세연도의 개월 수로 나누어 합산하도록 하고 있습니다. 100분의 1 미만 부분은 버립니다.

 

따라서 직원 수를 단순히 연말 인원으로 세거나 인사팀의 재직자 명단만 가져와 계산하면 오류가 생길 수 있습니다.

특히 다음 항목은 근로자별로 관리하는 것이 좋습니다.

 

• 최초 입사일과 퇴사일

 

• 실제 근로기간 1년 충족 여부

 

• 단시간근로 여부와 근로시간

 

• 청년등상시근로자 해당 여부

 

• 근로형태 변경일

 

• 급여 및 원천징수 자료

 

• 국민연금·건강보험 등 가입자료

 

세액공제를 신청할 때도 시행령은 세액공제신청서, 공제세액계산서 및 상시근로자 명세서를 제출하도록 규정하고 있습니다.

 

2026년부터는 연도별 인원 이력을 쌓아두는 것이 핵심이다

개정 통합고용세액공제는 한 해만 정확히 계산한다고 끝나는 제도가 아닙니다.

 

1년 차 증가인원이 다음 해 2년 차 계산의 출발점이 되고, 그 결과가 다시 3년 차 계산으로 연결됩니다. 따라서 2026년 상시근로자 명세를 잘못 작성하면 이후 과세연도의 공제액까지 영향을 받을 수 있습니다.

 

실무적으로는 최소한 연도별로 다음 세 가지 숫자를 별도로 관리하는 것이 안전합니다.

 

• 전체 상시근로자 수

 

• 청년등상시근로자 수

 

• 청년등 외 상시근로자 수

 

그리고 전년도 파일을 덮어쓰지 말고 과세연도별 계산내역과 근거자료를 남겨두는 편이 좋습니다.

 

2026년 통합고용세액공제의 핵심은 결국 “몇 명을 채용했는가”보다 “세법상 인정되는 고용 증가가 몇 년 동안 유지됐는가”입니다.

 

이 관점으로 접근하면 복잡해 보이는 1년 차·2년 차·3년 차 계산도 훨씬 명확해집니다.