조합원입주권 장기보유특별공제 계산법, 보유기간·거주기간은 어디까지 인정될까?

조합원입주권의 장기보유특별공제를 계산할 때 가장 헷갈리는 부분은 ‘보유기간’을 어디까지 인정하느냐입니다.

 

종전주택을 10년 보유한 뒤 조합원입주권으로 바뀌었고, 입주권 상태로 2년을 더 보유했다면 장기보유특별공제도 12년을 기준으로 계산할 것 같지만 그렇지 않습니다.

 

원조합원이 조합원입주권을 양도하는 경우 장기보유특별공제 대상 양도차익과 공제율 산정을 위한 보유기간은 원칙적으로 관리처분계획인가일을 기준으로 구분합니다.

 

여기에 1세대 1주택 요건을 충족하는 고가 조합원입주권이라면 거주기간까지 별도로 따져야 합니다.

 

즉 조합원입주권에서는 단순히 “몇 년 보유했나?”만 볼 것이 아니라 무엇을 계산하기 위한 보유기간인지부터 구분해야 합니다.

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▶ 장기보유특별공제는 전체 양도차익에 적용되지 않는다

원조합원이 조합원입주권을 양도하면 양도차익 전체가 장기보유특별공제 대상이 되는 것은 아닙니다.

 

현행 소득세법 제95조는 조합원입주권의 경우 관리처분계획인가 전 기존 토지·건물에서 발생한 양도차익으로 공제 대상을 제한하고 있습니다. 조합원으로부터 입주권을 승계취득한 경우도 이 공제 대상에서 제외됩니다.

 

조합원입주권의 양도차익은 실무적으로 크게 두 구간으로 나눌 수 있습니다.

• 종전부동산 취득 후 관리처분계획인가 전까지 발생한 양도차익
• 관리처분계획인가 후 입주권을 양도할 때까지 발생한 양도차익

 

소득세법 시행령 제166조도 원조합원의 입주권 양도차익을 관리처분계획인가 전과 후로 구분해 계산하도록 규정하고 있습니다.

 

장기보유특별공제는 원칙적으로 첫 번째 구간의 양도차익에 대해서만 검토합니다.

 

관리처분계획인가 이후 입주권 가치가 올라 발생한 프리미엄 부분은 입주권을 오래 가지고 있었다고 해서 장기보유특별공제가 추가로 붙는 구조가 아닙니다.

 

따라서 조합원입주권 양도세를 계산할 때는 전체 양도차익을 먼저 구한 뒤, 그중 장기보유특별공제가 가능한 관리처분계획인가 전 양도차익을 별도로 구분해야 합니다.

 

▶ 공제율 계산용 보유기간은 관리처분계획인가일까지 본다

장기보유특별공제율을 결정하기 위한 보유기간도 입주권 양도일까지 계속 계산하지 않습니다.

 

원조합원의 경우 종전부동산을 취득한 날부터 관리처분계획인가일까지를 기준으로 보유기간을 계산합니다.

 

예를 들어 다음과 같은 경우를 생각해보겠습니다.

 

2014년 종전주택 취득 → 2024년 관리처분계획인가 → 2026년 조합원입주권 양도

이 경우 실제 입주권 양도일까지는 12년이 지났습니다.

 

하지만 장기보유특별공제율을 정할 때 보는 기간은 2014년부터 2024년까지 10년입니다.

 

관리처분계획인가 이후 2024년부터 2026년까지 입주권으로 보유한 기간을 더해 12년으로 계산하지 않습니다.

 

입주권을 실제로 언제 팔았는지와 장기보유특별공제율을 계산하기 위한 보유기간의 종료 시점은 다를 수 있습니다.

 

이 차이를 모르고 입주권 양도일까지의 기간을 모두 장기보유특별공제 계산에 넣으면 공제액이 달라질 수 있습니다.

 

▶ 그런데 양도세율을 정할 때는 보유기간을 다르게 계산한다

조합원입주권 장기보유특별공제 계산법, 보유기간·거주기간은 어디까지 인정될까?

여기서 조합원입주권 양도세가 더 복잡해집니다.

 

장기보유특별공제를 계산할 때 사용하는 보유기간과 실제 양도소득세율을 판단할 때 사용하는 보유기간이 같지 않기 때문입니다.

 

원조합원이 조합원입주권을 양도할 때 세율 적용을 위한 보유기간은 종전부동산 취득일부터 조합원입주권 양도일까지 통산하는 구조입니다.

 

즉 앞의 사례라면,

 

장기보유특별공제율 계산에서는
2014년 취득 → 2024년 관리처분계획인가

 

세율 적용을 위한 보유기간에서는
2014년 취득 → 2026년 조합원입주권 양도를 각각 보게 됩니다.

 

같은 거래에서도 ‘보유기간’의 계산 목적에 따라 종료 시점이 달라지는 것입니다.

 

현행 소득세법 제104조에서는 조합원입주권의 보유기간이 1년 미만이면 70%, 1년 이상 2년 미만이면 60%의 단기양도세율을 규정하고 있습니다.

 

따라서 단순히 “입주권으로 바뀐 지 1년밖에 안 됐다”는 이유만으로 바로 단기양도세율을 적용한다고 판단해서는 안 됩니다.

 

원조합원인지, 이후 입주권을 매수한 승계조합원인지부터 확인해야 합니다.

 

▶ 승계조합원은 원조합원과 계산 출발점이 다르다

관리처분계획인가 전에 종전부동산을 보유하고 있다가 입주권을 취득한 사람과, 관리처분계획인가 이후 기존 조합원에게 입주권을 매수한 사람은 세법상 동일하게 볼 수 없습니다.

 

전자는 원조합원이고 후자는 승계조합원입니다.

 

현행 소득세법 제95조는 조합원입주권의 장기보유특별공제 대상에서 조합원으로부터 취득한 입주권을 제외하고 있습니다.

 

따라서 승계조합원이 입주권 상태에서 다시 양도한다면 원조합원처럼 종전주택 보유기간을 이용해 장기보유특별공제를 받을 수 없습니다.

 

원조합원과 승계조합원의 구분은 단순한 명칭 문제가 아니라 장기보유특별공제 적용 여부 자체를 바꿀 수 있는 핵심 조건입니다.

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▶ 1세대 1주택 고가 입주권은 거주기간까지 따져야 한다

1세대 1주택 요건을 충족하는 고가 조합원입주권이라면 일반적인 장기보유특별공제와 달리 보유기간뿐 아니라 실제 거주기간을 함께 반영하는 공제방식을 검토할 수 있습니다.

 

현행 소득세법 시행령 제159조의4는 이러한 1세대 1주택 장기보유특별공제 적용과 관련해 원칙적으로 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 주택을 대상으로 규정하고 있습니다.

 

여기서 조합원입주권만의 특이한 문제가 발생합니다.

 

관리처분계획인가가 났다고 기존주택이 바로 없어지는 것은 아닙니다.

 

실제 철거까지 시간이 걸릴 수 있고, 그동안 기존주택에서 계속 거주하는 경우도 있습니다.

 

그렇다면 관리처분계획인가 이후 실제로 거주한 기간도 2년 거주요건과 공제율 계산에 모두 포함될까요?

 

결론은 두 계산에서 다르게 취급됩니다.

 

▶ 관리처분인가 후 거주는 요건 판정에는 포함되지만 공제율에는 빠진다

국세청은 사전-2023-법규재산-0141에서 이 문제를 구분해서 해석했습니다.

 

관리처분계획인가 이후에도 기존주택이 철거되지 않아 실제 거주했다면, 그 기간은 2년 이상 거주했는지를 판단하는 단계에서는 포함할 수 있습니다.

 

반면 실제 거주기간에 따른 장기보유특별공제율을 계산할 때는 관리처분계획인가 이후의 거주기간을 제외합니다.

 

예를 들어,

관리처분계획인가 전 거주기간이 1년 8개월이고

인가 이후 철거 전까지 6개월을 더 거주했다면,

 

거주요건 충족 여부를 판단할 때는 총 2년 2개월의 거주기간을 고려할 수 있습니다.

 

하지만 실제 공제율을 계산할 때는 인가 후 6개월을 추가하지 않고 관리처분계획인가 전의 거주기간을 기준으로 계산합니다.

 

관리처분계획인가 이후의 거주기간은 장기보유특별공제 적용 자격을 판단할 때는 인정될 수 있지만, 실제 거주기간 공제율을 높이는 기간으로는 인정되지 않습니다.

 

‘거주기간’이라는 같은 단어를 쓰더라도 무엇을 판단하는 단계인지에 따라 결과가 달라지는 것입니다.

 

▶ 입주권 양도 전에는 네 가지 날짜부터 정리해야 한다

조합원입주권 양도세를 검토할 때 처음부터 공제율이나 세율만 찾으면 오히려 계산이 복잡해질 수 있습니다.

먼저 다음 네 가지를 정리하는 것이 좋습니다.

1. 종전부동산 취득일
2. 관리처분계획인가일
3. 관리처분계획인가 전후 실제 거주기간
4. 조합원입주권 양도일

 

여기에 원조합원인지 승계조합원인지도 확인해야 합니다.

 

그 다음 계산 순서는 비교적 명확해집니다.

 

먼저 양도차익을 관리처분계획인가 전과 후로 구분합니다.

 

그다음 관리처분계획인가 전 양도차익 중 장기보유특별공제를 적용할 수 있는 금액을 확인합니다.

 

공제율을 정할 때는 종전부동산 취득일부터 관리처분계획인가일까지의 보유기간을 봅니다.

 

1세대 1주택 요건을 충족하는 고가 조합원입주권이라면 거주기간 요건과 실제 공제율에 반영되는 거주기간을 다시 나눠 확인합니다.

 

마지막으로 양도세율을 판단할 때는 장기보유특별공제에서 사용했던 보유기간을 그대로 가져오지 말고 세율 적용을 위한 보유기간을 별도로 계산해야 합니다.

 

결국 조합원입주권 장기보유특별공제의 핵심은 ‘얼마나 오래 가지고 있었느냐’ 하나로 끝나지 않습니다.

 

어느 기간에 발생한 양도차익인지, 보유기간을 어디까지 계산하는지, 거주기간을 어떤 목적으로 판단하는지를 각각 분리해서 보는 것이 핵심입니다.