장애인고용부담금 경정청구 대상연도와 5년 기한 계산법

2026년 대법원 판결 이후 과거 장애인고용부담금을 법인세 신고 때 손금불산입한 법인은 경정청구를 검토할 필요가 있습니다. 다만 판결이 나왔다고 과거에 낸 부담금을 전부 돌려받는 것은 아닙니다.

 

실무에서 먼저 확인할 것은 세 가지입니다. 구 법인세법이 적용되는 사업연도인지, 당시 세무조정에서 실제 손금불산입했는지, 일반 경정청구 5년 기한이 아직 남아 있는지입니다.

 

특히 별도의 신고기한 연장이 없는 일반적인 12월 결산법인이라면 2021사업연도분의 경정청구 기한이 2027년 3월 31일로 가장 먼저 다가옵니다.

 

대법원 판결의 핵심은 ‘부담금 환급’이 아니라 손금산입이다

대법원은 2026년 3월 12일 선고한 2024두30809 판결에서 구 법인세법 제21조 제5호가 적용되는 장애인고용부담금의 손금산입 여부를 판단했습니다. 해당 판결은 장애인고용부담금이 장애인 고용의무 불이행을 이유로 부과되는 공과금에는 해당하지만, 당시 법이 요구하던 ‘제재로서 부과되는 공과금’에는 해당하지 않는다고 봤습니다.

 

장애인고용부담금은 벌금이나 과태료처럼 고의·과실을 전제로 법적 책임을 묻는 제재보다는 장애인 고용을 촉진하고 사업주 간 경제적 부담을 조정하기 위한 유도적·조정적 부담금의 성격이 강하다는 것이 판단의 핵심입니다.

 

따라서 구 법인세법이 적용되는 시기에 장애인고용부담금을 세무조정으로 손금불산입했다면, 이를 다시 손금에 넣어 법인세 과세표준과 세액을 재계산할 여지가 생겼습니다.

 

여기서 가장 흔한 오해가 있습니다.

 

장애인고용부담금 자체를 환급받는 것이 아닙니다.

 

예를 들어 과거에 부담금 1억원을 납부했다고 해서 1억원이 그대로 돌아오는 구조가 아닙니다. 1억원을 손금으로 추가 인정했을 때 과세표준이 얼마나 줄어드는지, 그 결과 법인세가 얼마나 감소하는지를 다시 계산하는 것입니다.

 

2025년부터는 법인세법 문구가 달라졌다

대법원 판결만 보고 앞으로 납부하는 장애인고용부담금까지 같은 방식으로 처리해서는 안 됩니다.

 

법인세법 제21조 제5호는 2024년 12월 31일 개정됐습니다. 종전의 ‘위반에 대한 제재로서 부과되는 공과금’에서 ‘위반을 이유로 부과되는 공과금’으로 문구가 변경됐고, 개정법은 2025년 1월 1일부터 시행됐습니다.

 

현재 법인세법 제21조 제5호 역시 법령에 따른 의무 불이행이나 금지·제한 등의 위반을 이유로 부과되는 공과금을 손금불산입 대상으로 규정하고 있습니다.

 

이 변화가 중요한 이유는 대법원 판결의 핵심이었던 ‘제재성’이라는 요건 자체가 개정 조문에서는 빠졌기 때문입니다.

 

따라서 일반적인 12월 결산법인을 기준으로 보면 2024사업연도까지의 과거 신고분을 우선 검토하고, 2025사업연도부터는 개정된 법인세법을 기준으로 별도로 판단해야 합니다.

 

즉 “대법원이 손금으로 인정했다”는 한 문장만으로 과거와 현재를 동일하게 처리하면 안 됩니다.

 

경정청구 5년은 부담금 납부일부터 계산하지 않는다

다음으로 중요한 것이 경정청구 기한입니다.

 

국세기본법 제45조의2는 일반적인 경정청구를 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 할 수 있도록 정하고 있습니다.

 

여기서 기준점은 장애인고용부담금을 실제 납부한 날짜가 아닙니다.

 

경정하려는 해당 사업연도의 법인세 법정신고기한을 기준으로 봐야 합니다.

 

법인세법 제60조에 따르면 일반적인 내국법인은 사업연도 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 법인세를 신고합니다. 다만 성실신고확인서를 제출하는 법인은 4개월이 적용될 수 있으므로 회사별 상황을 구분해야 합니다.

 

따라서 12월 결산 일반법인이라면 원칙적인 법인세 신고기한은 다음 해 3월 말이 되고, 그 법정신고기한을 출발점으로 경정청구 5년을 확인하는 방식입니다.

 

“부담금을 2022년에 냈으니 2027년까지”처럼 납부일만 보고 계산해서는 안 되는 이유입니다.

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2021~2024사업연도의 실제 기한을 확인해보자

아래 날짜는 성실신고확인 대상이 아니고 별도의 신고기한 연장도 없는 12월 결산 내국법인을 기준으로 한 일반적인 계산입니다.

 

• 2021사업연도
법인세 법정신고기한: 2022년 3월 31일
일반 경정청구 기한: 2027년 3월 31일

 

• 2022사업연도
법인세 법정신고기한: 2023년 3월 31일
일반 경정청구 기한: 2028년 3월 31일

 

여기까지는 비교적 단순합니다.

 

그런데 2023사업연도부터는 달력까지 확인해야 합니다.

 

2024년 3월 31일은 일요일이었습니다. 국세기본법 제5조는 세법상 신고·신청·청구 등의 기한이 토요일·일요일 또는 공휴일 등에 해당하면 그 다음 날을 기한으로 정하고 있습니다. 따라서 2023사업연도의 법인세 신고기한은 2024년 4월 1일로 넘어갑니다.

 

그 결과 일반적인 5년 경정청구 기간도 이 날짜를 기준으로 확인해야 합니다.

 

• 2023사업연도
법인세 법정신고기한: 2024년 4월 1일
5년이 되는 2029년 4월 1일도 일요일이므로
일반 경정청구 기한: 2029년 4월 2일

 

• 2024사업연도
법인세 법정신고기한: 2025년 3월 31일
5년이 되는 2030년 3월 31일이 일요일이므로
일반 경정청구 기한: 2030년 4월 1일

 

즉 사업연도마다 단순히 “다음 해 3월 31일 + 5년”이라고 기계적으로 적기보다는 실제 법정신고기한과 주말·공휴일 특례를 함께 확인해야 합니다.

 

현재 가장 먼저 확인할 것은 2021사업연도입니다.

장애인고용부담금 경정청구 대상연도와 5년 기한 계산법

 

세무조정계산서에서 손금불산입 여부부터 확인한다

경정청구 기한이 남아 있다고 바로 환급이 발생하는 것도 아닙니다.

 

회사가 장애인고용부담금을 회계상 비용으로 처리했더라도 법인세 신고에서는 세무조정을 통해 손금불산입했을 수 있습니다. 반대로 당시 이미 세법상 손금으로 반영했다면 같은 금액을 다시 손금에 넣을 수 없습니다.

 

따라서 재무제표만 확인해서는 부족합니다.

 

최소한 다음 자료를 함께 확인하는 것이 좋습니다.

 

• 사업연도별 장애인고용부담금 납부 및 회계처리 내역
• 해당 사업연도 법인세 신고서
• 세무조정계산서와 소득금액조정합계표 등 관련 조정내역
• 기존 법인세 산출·납부세액
• 손금산입으로 변경했을 때의 재계산 자료

 

특히 세무조정계산서에서 장애인고용부담금이 어떤 계정과목과 사유로 손금불산입됐는지를 확인하는 것이 출발점입니다. 해당 자료를 확인해야 실제 경정청구 대상 금액을 특정할 수 있습니다.

 

대법원 판결이 났다고 5년이 지난 연도가 자동으로 살아나는 것은 아니다

2019년이나 2020년 사업연도처럼 일반적인 경정청구 5년이 이미 지난 연도도 대법원 판결이 나왔으니 다시 청구할 수 있다고 생각할 수 있습니다.

 

하지만 이 부분은 구분해서 봐야 합니다.

 

국세기본법은 일반적인 5년 경정청구 외에 일정한 ‘후발적 경정청구’ 사유도 두고 있습니다. 예를 들어 최초 신고의 계산근거가 된 거래나 행위 등이 그에 관한 판결에 의해 다른 것으로 확정되는 경우 등이 여기에 해당합니다.

 

그렇다고 다른 회사가 제기한 소송에서 유리한 대법원 판결이 나왔다는 이유만으로 이미 만료된 모든 회사의 경정청구 기한이 자동으로 새로 시작한다고 전제해서는 안 됩니다.

 

따라서 과거 연도까지 검토할 때는 먼저 일반 경정청구 5년이 남아 있는 사업연도를 선별하고, 이미 기한이 지난 사업연도는 후발적 경정청구 요건이 개별적으로 성립하는지를 별도로 검토하는 편이 안전합니다.

 

실무적으로는 다음 순서가 가장 명확합니다.

 

사업연도 확인
→ 당시 적용 법인세법 확인
→ 손금불산입 여부 확인
→ 해당 연도의 정확한 경정청구 기한 계산
→ 법인세 재계산
→ 실제 환급 가능액 확인

 

장애인고용부담금 경정청구에서 가장 중요한 것은 “부담금을 얼마나 냈는가” 하나가 아닙니다.

 

언제의 부담금인지, 당시 세법이 무엇이었는지, 법인세 신고에서 어떻게 세무조정했는지, 그리고 지금도 청구기간이 남아 있는지를 함께 봐야 합니다.

 

특히 12월 결산 일반법인이라면 2021사업연도분의 2027년 3월 31일 기한이 가장 먼저 도래하므로, 과거 법인세 신고자료가 있다면 오래된 사업연도부터 순서대로 확인하는 것이 효율적입니다.