결손금 소급공제 vs 이월결손금 공제, 중소기업 법인세는 어떻게 달라질까?

회사가 올해 적자로 돌아섰다면 그 결손금을 반드시 미래에 사용할 필요는 없습니다.

 

중소기업이라면 결손금을 향후 이익에서 공제하는 이월결손금 공제와 함께, 일정 요건을 충족할 경우 결손금을 직전 사업연도로 돌려 이미 부담한 법인세를 환급받는 결손금 소급공제를 검토할 수 있습니다.

 

두 제도는 같은 결손금을 활용하지만 효과가 나타나는 시점이 완전히 다릅니다. 하나는 미래 세금을 줄이고, 다른 하나는 이미 계산된 직전 사업연도의 법인세를 다시 계산해 현금으로 환급받는 구조입니다.

 

이월공제와 소급공제의 가장 큰 차이는 ‘결손금을 언제 쓰느냐’다

결손금 소급공제 vs 이월결손금 공제

법인세법상 결손금은 손금이 익금을 초과한 금액을 말합니다.

 

일반적인 처리 방법은 이월공제입니다. 현재 법인세법 제13조에 따르면 일정 요건을 갖춘 이월결손금은 그 결손금이 발생한 사업연도 이후 최대 15년 동안 과세표준 계산 시 공제할 수 있습니다.

 

일반 법인은 각 사업연도 소득의 80%가 공제한도지만, 세법상 중소기업은 100%까지 공제할 수 있습니다.

 

예를 들어 올해 1억원의 결손금이 발생했고 내년에 7천만원의 소득이 발생했다면, 중소기업은 요건을 충족하는 이월결손금을 사용해 내년도 과세표준을 줄일 수 있습니다.

 

반면 결손금 소급공제는 방향이 반대입니다.

 

올해 발생한 결손금을 미래가 아니라 직전 사업연도의 과세표준에 반영했다고 가정하여 법인세를 다시 계산합니다.

 

따라서 구조는 다음과 같습니다.

 

직전 사업연도: 이익 발생 및 법인세 부담

 

→ 현재 사업연도: 결손금 발생

 

→ 결손금을 직전연도로 소급

 

→ 직전 사업연도의 법인세 재계산

 

→ 차액 환급

 

법인세법 제72조는 이러한 소급공제를 중소기업에 해당하는 내국법인에 허용하고 있습니다.

 

결손금이 생겼다고 모두 작년 세금을 돌려받는 것은 아니다

소급공제를 적용하려면 몇 가지 조건을 함께 확인해야 합니다.

 

첫 번째는 세법상 중소기업인지입니다.

 

여기서 중소기업 여부는 회사가 일반적으로 사용하는 중소기업 분류만으로 판단하면 안 됩니다. 조세특례제한법상 중소기업 요건을 충족해야 합니다.

 

현행 조세특례제한법 시행령 제2조는 업종별 매출액 기준, 독립성 요건 등을 두고 있으며 자산총액이 5천억원 이상인 기업은 중소기업으로 보지 않습니다.

 

두 번째는 직전 사업연도에 환급할 법인세가 존재해야 한다는 점입니다.

 

소급공제는 수년 전까지 거슬러 올라가는 제도가 아니라 기본적으로 직전 사업연도의 법인세를 대상으로 합니다.

 

따라서 직전연도에도 결손이었거나 실제 환급할 법인세액이 없다면 소급공제로 받을 금액 역시 없습니다.

 

세 번째로는 결손금 발생 사업연도와 직전 사업연도의 법인세 과세표준 및 세액을 모두 법정 신고기한 내에 신고해야 합니다.

 

법인세법 제72조 제4항은 두 사업연도의 신고가 기한 내 이루어진 경우에만 소급공제를 적용하도록 규정하고 있습니다.

 

소급공제는 자동 적용되지 않는다

이월결손금과 달리 소급공제로 환급을 받으려면 별도의 신청절차가 필요합니다.

 

법인세법 시행령 제110조에 따르면 환급을 받으려는 법인은 결손금이 발생한 사업연도의 법인세 신고기한 내에 소급공제법인세액환급신청서를 관할 세무서장에게 제출해야 합니다.

 

국세정보통신망을 통한 제출도 가능합니다.

 

따라서 결산 과정에서 결손금이 확인됐다면 법인세 신고서만 작성하고 끝낼 것이 아니라,

• 세법상 중소기업 해당 여부
• 직전연도 과세표준
• 직전연도 법인세액
• 현재 발생한 결손금
• 실제 소급공제할 금액

을 함께 확인할 필요가 있습니다.

 

소급공제 신청을 놓친 채 신고를 마치면 해당 결손금은 일반적인 이월결손금으로 관리하는 문제가 남게 됩니다.

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환급액은 결손금 자체가 아니라 ‘다시 계산한 세금 차이’다

여기서 자주 생기는 오해가 있습니다.

 

결손금이 1억원 발생했다고 해서 1억원을 돌려받는 것은 아닙니다.

 

법인세법 제72조의 계산구조는 직전 사업연도의 법인세 산출세액에서, 직전 사업연도 과세표준에 소급공제 대상 결손금을 반영해 다시 계산한 세액을 차감하는 방식입니다.

 

가령 다음과 같이 가정해 보겠습니다.

 

직전 사업연도 법인세 산출세액: 1,200만원

 

직전 사업연도 세액공제·감면액: 200만원

 

결손금을 반영해 다시 계산한 산출세액: 500만원

 

산출세액 차이는 700만원입니다.

 

그리고 시행령상 환급한도인 ‘직전 사업연도의 법인세액’은 산출세액에서 세액공제·감면액을 뺀 금액이므로 이 사례에서는 1,000만원입니다.

 

따라서 다른 변수가 없다는 전제에서는 700만원이 환급 계산의 대상이 됩니다.

 

또한 소급공제할 결손금이 직전 사업연도의 과세표준보다 크다고 해서 그 초과분까지 직전연도에서 사용할 수 있는 것은 아닙니다. 시행령은 과세표준을 초과하는 결손금액은 소급공제 결손금액으로 보지 않도록 규정합니다.

 

한 번 소급공제한 결손금은 다시 이월해서 쓸 수 없다

같은 결손금을 소급공제와 이월공제에 중복해서 사용할 수는 없습니다.

 

법인세법 시행령은 결손금 소급공제를 통해 이미 공제받은 금액을 향후 과세표준 계산에서 공제된 것으로 보도록 규정하고 있습니다.

 

예를 들어 올해 결손금이 1억원인데 그중 4천만원만 직전연도로 소급공제했다면, 그 4천만원은 이미 사용된 결손금입니다.

 

남은 6천만원이 이월결손금으로서 향후 공제 대상이 될 수 있는지를 관리하게 됩니다.

 

이 점 때문에 소급공제를 검토할 때에는 단순히 “환급받을 수 있느냐”만 보는 것보다 현재 현금흐름과 앞으로 발생할 과세소득까지 함께 살펴보는 것이 중요합니다.

 

소급공제를 많이 사용할수록 지금 환급받는 금액은 커질 수 있지만, 그만큼 미래에 사용할 이월결손금은 줄어드는 구조이기 때문입니다.

 

환급 후 결손금이 줄어들면 다시 세금을 낼 수도 있다

소급공제 환급을 받았다고 절차가 완전히 끝나는 것도 아닙니다.

 

법인세법 제72조는 환급 후 세무조정이나 경정으로 결손금이 감소하거나, 직전 사업연도의 과세표준·세액이 변경돼 당초 환급액이 과다해진 경우 그 금액을 다시 징수할 수 있도록 규정하고 있습니다.

 

중소기업 요건을 충족하지 않았는데 소급공제를 받아 환급받은 경우에도 환급세액이 다시 징수될 수 있습니다. 이때 법에서 정한 이자상당액도 함께 발생할 수 있습니다.

 

다만 결손금 전체가 아니라 일부만 소급공제한 경우에는 사후적으로 결손금이 감소하더라도 곧바로 소급공제액부터 줄이는 것은 아닙니다.

 

법인세법 시행령 제110조는 소급공제를 받지 않은 결손금이 먼저 감소된 것으로 본다고 규정합니다.

 

예를 들어 결손금 1억원 중 4천만원만 소급공제하고 6천만원은 남겨뒀는데, 이후 경정으로 결손금이 2천만원 줄었다면 우선 소급공제를 받지 않은 6천만원에서 감소한 것으로 보는 방식입니다.

 

결국 판단 기준은 ‘작년 환급’과 ‘미래 공제’를 분리해 보는 것이다

결손금이 발생했다면 회계담당자는 단순히 “적자가 났다”에서 끝내면 안 됩니다.

 

먼저 결손금 규모를 확정하고, 세법상 중소기업 여부와 직전 사업연도의 과세표준·법인세액을 확인해야 합니다.

그다음에는 두 방향을 나누어 보면 이해하기 쉽습니다.

 

이월결손금 공제

 

→ 향후 최대 15년 동안 발생하는 소득에서 사용

 

→ 중소기업은 해당 사업연도 소득의 100% 한도 내 공제 가능

 

결손금 소급공제

 

→ 직전 사업연도의 법인세를 다시 계산

 

→ 환급신청 필요

 

→ 사용한 결손금은 향후 다시 이월공제할 수 없음

 

따라서 소급공제는 단순한 ‘적자기업 지원제도’라기보다 현재 결손금을 직전연도와 미래 중 어느 시점에 세무상 활용할 것인지 결정하는 제도로 이해하면 정확합니다.

 

직전 사업연도에 충분한 과세소득과 법인세 부담이 있었고 현재 결손이 발생한 중소기업이라면, 법인세 신고 단계에서 이월결손금만 확인하지 말고 소급공제 가능 여부도 반드시 함께 확인해 볼 필요가 있습니다.