육아휴직 복귀 후 2년 내 퇴사하면 세액공제는 얼마나 돌려내야 할까?

육아휴직에서 복귀한 직원이 2년 안에 퇴사하면 회사가 받았던 세액공제는 어떻게 될까요?

 

2026년 10월 현재 「조세특례제한법」 제29조의8에 따르면, 육아휴직 복귀자에 대한 세액공제를 받은 기업이 복직일부터 2년이 지나기 전에 해당 직원과의 근로관계를 종료하면 공제세액에 상당하는 금액을 납부해야 합니다.

 

중소기업은 복귀자 1명당 1,300만원, 중견기업은 900만원까지 공제받을 수 있는 만큼 사후관리도 중요합니다.

 

그런데 여기서 한 가지 더 알아야 할 부분이 있습니다. 세액공제액 전부가 항상 납부 대상이 되는 것은 아니라는 점입니다.

 

▶ 복귀 직원이 퇴사하면 언제 세금을 다시 납부할까?

육아휴직 복귀자 세액공제의 사후관리 기준은 복직일부터 2년입니다.

 

「조세특례제한법」 제29조의8 제7항은 세액공제를 받은 기업이 복직일부터 2년이 지나기 전에 해당 근로자와의 근로관계를 종료하면 공제받은 세액에 상당하는 금액을 납부하도록 규정하고 있습니다.

 

여기서 중요한 날짜는 세액공제를 신청한 날이나 법인세 신고일이 아닙니다. 직원이 실제로 육아휴직에서 복귀한 날입니다.

 

예를 들어 중소기업의 직원이 2026년에 육아휴직에서 복귀했고, 회사가 해당 직원을 대상으로 세액공제를 적용했다고 가정하겠습니다.

 

이 직원이 2027년에 퇴사한다면 복직 후 2년이 지나기 전인지 확인해야 합니다. 사후관리 기간 안에 근로관계가 종료된 경우에는 세액공제에 따른 추가 납부 여부를 검토해야 합니다.

 

반면 법정 사후관리 기간이 지난 후 근로관계가 종료됐다면 해당 조항의 2년 이내 근로관계 종료 요건에는 해당하지 않습니다.

 

사후관리의 시작일은 세액공제 신청일이 아니라 육아휴직 복직일입니다.

 

▶ 공제받은 1,300만원을 무조건 전부 납부해야 할까?

반드시 그렇지는 않습니다. 실제로 공제받지 못하고 이월된 금액이 있는지 확인해야 합니다.

 

「조세특례제한법」 제29조의8 제7항은 근로관계 종료 시 납부할 금액을 정하면서, 제144조에 따라 공제받지 못하고 이월된 금액이 있다면 이를 차감하도록 규정합니다.

 

이를 이해하려면 세액공제액과 실제로 사용한 공제액을 구분해야 합니다.

 

예를 들어 세액공제 요건을 충족한 중소기업에서 다음과 같은 상황이 발생했다고 가정하겠습니다.

• 육아휴직 복귀자에 대한 공제 가능금액: 1,300만원
• 실제 법인세에서 공제한 금액: 700만원
• 공제받지 못하고 이월된 금액: 600만원

 

이후 해당 직원이 복직 후 2년이 지나기 전에 퇴사했다면 어떻게 될까요?

 

위 사례에서 다른 세액공제와의 관계 등을 제외하고 해당 복귀자 공제금액만 놓고 보면, 추가 납부 대상금액은 1,300만원 전체가 아니라 700만원입니다.

 

계산구조는 다음과 같습니다.

1,300만원 - 이월된 600만원 = 700만원

 

다만 이 예시는 퇴사에 따른 사후관리 규정을 단순화한 것입니다. 실제 신고에서는 해당 공제액 중 이미 사용한 금액과 미사용 이월액을 과세연도별로 구분해야 하며, 이월액의 향후 처리도 별도로 검토해야 합니다.

 

세액공제 가능금액과 실제 공제받은 금액을 구분하지 않으면 추가 납부세액을 잘못 계산할 수 있습니다.

육아휴직 복귀 후 2년 내 퇴사하면 세액공제는 얼마나 돌려내야 할까?

 

▶ 자진퇴사라면 사후관리 대상에서 제외될까?

직원이 스스로 퇴사했다고 해서 자동으로 사후관리 대상에서 제외되는 것은 아닙니다.

 

현행 「조세특례제한법」 제29조의8 제7항은 해당 직원과의 '근로관계 종료'를 기준으로 규정하고 있습니다.

 

해당 조항에는 직원의 자발적 퇴사라는 이유만으로 추가 납부의무를 면제한다는 별도 규정이 없습니다.

 

따라서 직원이 개인 사정으로 사직한 경우에도 법정 기간 내에 근로관계가 종료됐다면 공제세액에 대한 납부 여부를 확인해야 합니다.

 

회사가 직원의 퇴사를 막을 수 없었다는 사정만으로 세법상 사후관리 의무가 당연히 없어지는 것도 아닙니다.

 

다만 퇴직, 고용승계, 전적 등 개별 사안에서 실제 근로관계가 종료됐는지는 구체적인 사실관계와 적용 법령에 따라 판단해야 합니다.

 

육아휴직 복귀자 세액공제를 받은 기업은 직원의 자발적 퇴사 여부와 관계없이 복직 후 2년 이내 근로관계 종료에 따른 추가 납부 위험을 검토해야 합니다.

 

▶ 언제 신고하고 납부해야 할까?

추가 납부가 발생하더라도 원래 세액공제를 받았던 과세연도의 법인세 신고를 무조건 다시 수정하는 방식으로 처리하는 것은 아닙니다.

 

「조세특례제한법」 제29조의8 제7항은 근로관계가 종료된 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 공제세액에 상당하는 금액을 납부하도록 정하고 있습니다.

 

가령 12월 말 결산법인이 2026년 복귀자를 대상으로 적법하게 세액공제를 적용했고, 그 직원이 2027년 중 사후관리 기간 내에 퇴사했다면 원칙적으로 2027사업연도 법인세 신고 과정에서 추가 납부할 금액을 계산하는 구조입니다.

 

통상적인 12월 말 결산법인이라면 2027사업연도 법인세 법정 신고기한은 2028년 3월 31일입니다.

 

여기서 반드시 구분할 부분이 있습니다.

 

첫째, 최초 세액공제 적용 당시 요건을 충족하지 못했던 경우입니다. 이 경우에는 최초 공제 자체의 적정성을 검토해야 합니다.

 

둘째, 최초 공제는 적법했지만 복직 후 사후관리 기간에 근로관계가 종료된 경우입니다. 이는 별도로 규정된 사후관리 납부의무를 검토하는 문제입니다.

 

두 상황을 혼동하면 잘못된 과세연도에 세액을 반영할 수 있습니다.

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▶ 회사 전체 고용인원과 개별 복귀자의 퇴사는 어떻게 다를까?

육아휴직 복귀자 세액공제는 회사 전체의 상시근로자 수와 개별 복귀자의 근로관계를 서로 다른 단계에서 확인합니다.

 

먼저 세액공제를 적용하는 과세연도에는 회사의 상시근로자 수가 직전 과세연도보다 감소하지 않았는지 확인해야 합니다.

 

이는 「조세특례제한법」 제29조의8 제5항에서 정한 최초 공제 적용요건입니다.

 

반면 복직일부터 2년이 지나기 전에 해당 직원과의 근로관계가 종료됐는지는 제7항의 사후관리 문제입니다.

 

예를 들어 복귀 직원 1명이 퇴사했지만 회사가 다른 직원을 채용해 전체 고용인원을 유지했다고 가정하겠습니다.

 

회사 전체의 직원 수가 줄지 않았다는 사실만으로 육아휴직 복귀자에 대한 사후관리 의무까지 충족한 것은 아닙니다.

 

제7항은 공제 대상이 된 해당 직원과의 근로관계가 유지됐는지를 별도로 보기 때문입니다.

 

따라서 두 기준은 다음과 같이 구분해야 합니다.

• 최초 공제 적용: 과세연도별 상시근로자 수 비교
• 복직 후 사후관리: 공제 대상 직원별 2년 이내 근로관계 종료 여부 확인

 

전체 고용인원이 유지됐다는 이유만으로 개별 복귀자에 대한 추가 납부 검토를 생략해서는 안 됩니다.

 

▶ 2026년 복직자는 어떤 자료를 남겨야 할까?

2026년 10월 현재 육아휴직 복귀자 추가공제는 일정한 요건을 갖춘 직원을 2026년 12월 31일까지 복직시키는 경우에 적용하도록 규정돼 있습니다.

 

기본 요건은 해당 기업에서 1년 이상 근무하고, 법정 육아휴직을 연속 6개월 이상 사용했으며, 최대주주 등 법정 특수관계인에 해당하지 않는 것입니다. 같은 자녀에 대해서는 한 차례만 공제할 수 있습니다.

 

이와 함께 복직한 과세연도의 상시근로자 수가 직전 과세연도보다 감소하지 않아야 합니다.

 

회사에서는 최초 공제 검토자료와 사후관리 자료를 함께 보관하는 것이 좋습니다.

1. 직원별 인사기록: 입사일, 육아휴직 시작일·종료일, 복직일, 퇴사일
2. 공제 적용자료: 공제 대상 여부, 적용 과세연도, 직원별 공제금액
3. 세액공제 사용내역: 실제 공제받은 금액과 이월된 금액
4. 고용인원 자료: 해당 과세연도와 직전 과세연도의 상시근로자 계산내역
5. 사후관리 자료: 복직일부터 2년간 근로관계 유지 여부 및 종료 사유

 

특히 직원의 퇴사정보는 인사팀에서 관리하고, 실제 공제금액은 세무·회계팀에서 관리하는 경우가 많습니다.

 

따라서 매년 결산할 때 사후관리 대상 직원의 근로관계 변동 여부를 확인할 수 있도록 부서 간 정보를 연결해야 합니다.

 

결국 육아휴직 복귀자 세액공제에서 중요한 것은 최초 공제금액뿐만이 아닙니다.

 

복직일을 기준으로 2년간 관리하고, 근로관계가 종료되면 실제 공제받은 세액과 이월액을 구분하여 적절한 과세연도에 반영하는 것까지가 하나의 세무관리 업무입니다.