회사가 과거에 취득하여 보유 중인 자기주식을 2027년에 처분하면 처분이익에 법인세를 납부해야 할까요?
2026년 세제개편 정부안에 따르면 2027년 1월 1일 이후 처분하는 자기주식의 이익은 익금불산입하고, 손실은 손금불산입하는 방향으로 개정됩니다.
중요한 점은 자기주식을 언제 취득했는지와 관계없이, 새로운 처분손익 규정은 원칙적으로 처분시점을 기준으로 적용하도록 설계했다는 것입니다.
다만 2026년 10월 현재 해당 내용은 국회 심의 중인 개정안입니다. 아직 확정된 세법이 아니므로 기존 자기주식의 처분을 준비하는 법인이라면 적용시기와 최종 개정 결과를 함께 확인해야 합니다.
▶ 자기주식 처분이익은 왜 법인세 과세대상이었을까?
자기주식은 회사가 자신이 발행한 주식을 다시 취득하여 보유하는 주식입니다.
일반적인 투자주식과 달리 회사 자신의 지분을 다시 취득한다는 특징이 있어 회계와 세법에서 처리방식의 차이가 발생했습니다.
먼저 K-IFRS 제1032호 '금융상품: 표시' 문단 33에서는 자기주식을 자본에서 차감하고, 자기지분상품의 매입이나 매도 등으로 발생한 손익을 당기손익으로 인식하지 않도록 규정합니다.
즉, 회계상 자기주식 거래는 기본적으로 자본거래입니다.
하지만 현행 법인세법에서는 일반적인 자기주식 처분으로 발생한 이익을 익금으로, 손실을 손금으로 반영하는 방식이 적용되어 왔습니다.
다만 종전 세법에서도 모든 자기주식 처분이 동일하게 취급된 것은 아닙니다.
대법원 2005. 6. 10. 선고 2004두3755 판결에서는 합병으로 승계취득한 특정 자기주식의 처분이익을 자본거래에서 발생한 합병차익으로 보아 익금에 산입하지 않는다고 판단했습니다.
따라서 과거 거래를 검토할 때는 일반적인 자기주식 매입인지, 합병 등 특수한 자본거래로 취득했는지도 구분해야 합니다.
▶ 2027년 자기주식 처분손익은 어떻게 달라질까?
정부는 2026년 8월 3일 발표한 세제개편안에서 자기주식의 세법상 취급을 자본거래 중심으로 정비하는 방안을 제시했습니다.
주요 내용은 두 가지입니다.
- 자기주식 처분이익: 법인세 계산 시 익금불산입
- 자기주식 처분손실: 법인세 계산 시 손금불산입
익금불산입은 법인세 과세소득 계산에서 해당 이익을 제외한다는 의미입니다.
반대로 손금불산입은 회사에서 손실이 발생하더라도 그 금액을 법인세 계산상 비용으로 인정하지 않는다는 의미입니다.
예를 들어 회사가 자기주식을 8억 원에 취득하고, 나중에 11억 원에 처분했다고 가정하겠습니다.
취득금액과 처분금액의 차이는 3억 원입니다.
기존의 일반적인 자산거래 과세방식에서는 이 3억 원이 법인세 과세소득에 반영될 수 있지만, 정부 개정안이 시행되면 자기주식 처분이익 3억 원은 익금에 산입하지 않습니다.
반대 상황도 살펴보겠습니다.
8억 원에 취득한 자기주식을 6억 원에 처분했다면 2억 원의 처분손실이 발생합니다.
개정안에 따르면 이 2억 원 역시 법인세 계산상 손금으로 인정되지 않습니다.
정부안이 확정될 경우 2027년 이후 자기주식 처분에서는 이익에 대한 과세가 제외되는 대신, 손실에 따른 법인세 절감효과도 사라집니다.
따라서 개정안이 모든 기업에 일률적으로 유리하다고 해석해서는 안 됩니다.
▶ 2025년에 취득한 자기주식을 2027년에 팔아도 적용될까?
정부안의 핵심은 취득시점과 처분시점에 적용되는 규정을 구분한다는 것입니다.
예를 들어 B법인이 2025년에 자기주식 1만 주를 취득하여 보유하다가 2027년에 해당 주식을 처분하는 상황을 가정하겠습니다.
이때 자기주식을 취득한 시점의 세무관계는 2025년 당시 규정을 기준으로 검토합니다.
그러나 처분손익은 2027년 처분 당시 적용되는 규정에 따라 판단하게 됩니다.
정부안에서는 자기주식 처분손익의 익금·손금불산입 규정을 2027년 1월 1일 이후 처분하는 분부터 적용하도록 했습니다.
따라서 정부안대로 법률이 확정된다면 2025년에 취득한 자기주식이라도 2027년에 처분할 경우 새로운 처분손익 규정을 적용할 수 있습니다.
기존 보유 자기주식이라고 해서 취득 당시 세법이 향후 처분과 소각 단계까지 모두 동일하게 적용되는 것은 아닙니다.
특히 법인세 결산을 담당하는 실무자는 과거 취득분과 신규 취득분을 단순히 하나로 묶기보다, 취득연도별 이력과 실제 처분일을 구분하여 관리할 필요가 있습니다.
▶ 2026년에 미리 처분하는 것이 유리할까?
처분시점에 따라 법인세 결과가 달라질 수 있지만, 단순히 2027년까지 기다리는 것이 유리하다고 결론내리기는 어렵습니다.
자기주식 처분이익이 예상되는 기업은 새로운 익금불산입 규정의 적용에 관심이 있을 수 있습니다.
반면 처분손실이 예상되는 기업은 기존 규정에서 손금 인정이 가능한지와 새로운 규정에서 손금불산입되는 효과를 비교해야 합니다.
여기에 2026년 10월 1일 발의된 별도의 의원입법안도 주목할 필요가 있습니다.
윤후덕 의원 등이 발의한 「법인세법 일부개정법률안」(의안번호 2221725)은 자기주식 처분손익에 관한 개정규정의 적용시기를 조정하려는 내용을 담고 있습니다.
이 의원안은 개정규정을 2027년 1월 1일 이후 최초 신고하는 분부터 적용하되, 2026년 말까지 처분한 자기주식에 대해서는 일정한 방식으로 종전 규정을 선택할 수 있도록 하는 방안을 제시했습니다.
다만 이는 정부안과 별도로 심의 중인 의원안으로, 최종적으로 반영될지는 확정되지 않았습니다.
2026년과 2027년의 자기주식 처분 세부담을 비교할 때는 정부안의 적용일만 볼 것이 아니라, 국회에서 논의되는 적용시기 변경 가능성도 확인해야 합니다.
세금 외에 상법상 적법한 처분 여부와 주주 간 이해관계도 함께 검토해야 합니다.
▶ 자기주식을 소각한다면 처분과 같은 방식일까?
자기주식의 처분과 소각은 서로 다른 거래입니다.
자기주식 처분은 회사가 보유한 자기주식을 다른 주주나 제3자에게 이전하는 것이고, 소각은 해당 주식 자체를 없애는 것입니다.
2026년 3월 개정된 「상법」 제341조의4는 자기주식의 원칙적인 소각의무와 예외적인 보유·처분 절차를 규정하고 있습니다.
회사는 원칙적으로 자기주식 취득일부터 1년 이내에 소각해야 하지만, 법정 요건을 충족하고 자기주식보유처분계획에 대한 주주총회 승인을 받은 경우 등에는 예외적인 보유·처분이 가능합니다.
기존 보유 자기주식은 개정 상법의 경과규정도 별도로 확인해야 합니다.
또한 세법상으로는 자기주식 소각이 자본감소 방식인지, 배당가능이익을 재원으로 하는 이익소각인지에 따라 검토할 사항이 달라집니다.
과거에 정상적인 매매로 자기주식을 취득하였다가 나중에 소각하는 경우라도, 당초부터 소각을 예정한 일련의 거래였는지에 따라 주주 단계의 의제배당 문제가 발생할 수 있습니다.
따라서 자기주식 처분손익의 익금·손금불산입 규정을 소각거래에 그대로 적용하거나, 소각 시 주주 과세문제까지 해소된 것으로 판단해서는 안 됩니다.
▶ 결산 담당자가 미리 준비할 자료는 무엇일까?
자기주식 과세체계가 변경되면 회사가 보유한 자기주식의 취득 이력과 향후 처리 계획이 중요해집니다.
실무적으로는 다음 자료를 정리해 두는 것이 좋습니다.
- 취득 내역: 취득일, 취득 주식 수, 취득대금, 취득 상대방
- 취득 경위: 일반 매입, 합병 등 취득 원인과 취득 당시 목적
- 과거 세무처리: 취득 관련 신고내용과 자기주식 처분손익의 과거 세무조정
- 향후 계획: 처분 예정일, 처분가격, 소각 여부 및 관련 의사결정 자료
- 추가 과세위험: 특수관계인 거래, 시가 적정성, 불균등 처분에 따른 이익이전 여부
특히 회사가 자기주식을 특정 주주에게 시가보다 낮은 가격으로 처분한다면, 단순히 처분손실의 손금불산입 여부만 검토해서는 충분하지 않습니다.
특수관계인 사이의 부당행위계산 부인이나 다른 주주에 대한 증여세 문제가 별도로 발생할 수 있기 때문입니다.
K-IFRS 적용 법인의 경우 회계상 자기주식 처분대가가 자본에 직접 반영되므로, 세법상 처분손익 과세 여부와 회계처리를 구분하는 것도 중요합니다.
결국 실무에서 가장 중요한 것은 취득·처분·소각을 하나의 거래로 취급하지 않고 각각의 법률효과와 적용시점을 분리하는 것입니다.
2026년 10월 현재 정부 세제개편안과 별도 의원안 모두 국회 심의 중입니다. 따라서 실제 처분 전에는 최종 공포된 법률과 부칙의 적용례를 반드시 확인해야 합니다.
기준일: 2026년 10월 17일.
주요 근거: 「법인세법」 제15조·제17조, 「상법」 제341조의4·제342조, K-IFRS 제1032호 문단 33, 재정경제부 「2026년 세제개편안」, 정부 제출 「법인세법 일부개정법률안」(의안번호 2221043), 의원 발의 「법인세법 일부개정법률안」(의안번호 2221725), 대법원 2005. 6. 10. 선고 2004두3755 판결.
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