소상공인용 간편결제·카드수수료 세무 처리 팁

3줄 요약

• 간편결제·카드수수료는 표면상 결제비용이지만, 금융용역 면세인지 과세용역인지에 따라 세무 처리와 매입세액 공제 가능성이 달라집니다.
• 정산명세, 세금계산서, 장부 반영 순으로 실무를 처리하며, 공급자 구분과 증빙 확인이 핵심입니다.
• 불법·비등록 PG 사용, 우대수수료 적용 여부, 고객 전가 등 부가세·법적 리스크를 점검해야 합니다.

 

1. 핵심 이해 : 간편결제·카드수수료의 본질과 세무 처리 핵심 포인트

간편결제(PG·모바일페이 포함)와 카드수수료는 표면적으로는 ‘결제비용’으로 보이나, 세무상 취급은 수수료의 ‘성격(금융성 vs 일반용역)’과 수수료 발생 주체(카드사·PG사·플랫폼 등)에 따라 달라집니다. 가장 중요한 쟁점은 다음 세 가지입니다.

첫째, 수수료를 제공하는 사업자가 ‘금융·보험용역’에 해당하는지 여부(대부분의 신용카드사 가맹점수수료는 금융용역으로 면세 판정 사례가 많음).

둘째, PG사(결제대행업자)가 제공하는 서비스가 ‘국내과세용역’인지, ‘국외공급(영세율 적용 가능성)’인지의 해석 문제(업계·국세청 간 쟁점).

셋째, 수수료에 대해 세금계산서(부가세 과세분)가 발행되는지 여부에 따른 매입세액 공제 가능성.

따라서 “간편결제·카드수수료 = 자동으로 매입세액 공제 가능”이라는 선입견은 위험하며, 공급자(카드사 또는 PG사)가 면세자인지 과세자인지를 먼저 확인해야 합니다.

 

2. 회계·세무 처리 실무(정산 차이·분개 예시)

실무 흐름은 단순합니다. (A) 정산명세(플랫폼 정산표) → (B) 세금계산서/계산서/영수증 수령 여부 → (C) 장부 반영(매출/비용/매입세액) 순으로 진행하되, 핵심은 “발행된 증빙의 유형”입니다.

카드사 가맹점수수료(전통적 카드수수료) : 여신전문금융업법에 따라 인가된 신용카드업자가 가맹점에 대해 제공하는 지급보증·정산업무 관련 수수료는 통상 금융·보험용역으로 면세 처리되는 경우가 많습니다. 이 경우 수수료에 대한 매입세액 공제는 원칙적으로 불가하므로 장부상에는 판매비·관리비(수수료)로 비용 처리하되, 매입세액은 계상하지 않습니다.

표준 분개(원화 기준 예시)

• (수수료 확정 시)
  차변: 카드수수료(판매비) xxx원 / 대변: 미지급금 xxx원
• (정산금액 차감 반영 시)
  차변: 보통예금(입금액) xxx원 / 대변: 매출 xxx원, 미지급금 정리 xxx원

PG사·간편결제 수수료 : PG사가 발행하는 수수료는 과세(세금계산서 발행)인 경우와 영세율·면세 등 논쟁적 성격이 공존합니다. 특히 해외결제·국제중개 형태가 섞이면 ‘국외공급(영세율 적용)’ 여부가 문제되어 국세청과 업계 해석이 달랐던 사례가 있습니다.

PG 수수료에 대해 세금계산서(부가세 포함)를 수령하면 일반과세자는 매입세액 공제를 받을 수 있으므로, PG사 정산내역과 세금계산서의 유무·금액을 꼭 대조하십시오.

실무 팁 : 플랫폼 정산서의 ‘총매출 → 수수료·프로모션 차감 → 정산금’ 구조에서 수수료와 프로모션의 귀속주체(플랫폼 부담인지 업주 부담인지)를 명확히 구분해 회계처리 하십시오. (예: 플랫폼이 할인액을 대신 지급하면 업주의 매출에서 차감하는 매출에누리로 처리).

 

3. 부가가치세 영향과 소상공인 유의사항: 매입세액 공제 가능성 판단법 & 불법·비등록 PG 주의

부가가치세 측면에서 가장 중요한 실무 규칙은 이렇습니다.

1. 세금계산서가 발급되는 수수료(과세분)이면 매입세액 공제가 가능(일반과세자 기준).
2. 수수료가 금융·보험용역으로 면세이면 매입세액 공제 불가(카드사의 전통적 가맹점수수료가 이 범주에 해당하는 사례가 많음).
3. PG·간편결제 사업자의 등록상태(전자금융업 등록 여부)를 반드시 확인. 미등록 PG를 통한 결제대행 구조는 국세청의 조사 대상으로, 매출 신고 누락·부가세 추징 등 중대한 리스크로 연결될 수 있으니 즉시 등록 여부를 확인하고 문제가 있으면 대체 결제수단 전환을 권합니다.

또한 최근 정부·금융당국은 영세·중소가맹점 대상 우대수수료제도(수수료율 인하·환급 등)를 운영하고 있으므로, 자영업자는 본인 가맹점의 우대수수료 적용 대상 여부를 정기적으로 확인하고, 해당 시 환급·감면 절차를 챙기면 비용 절감에 도움이 됩니다.

대외적으로 ‘카드수수료를 고객에게 전가’하는 행위는 법적·행정적 문제(여신전문금융업법·공정거래 관점) 소지가 있으니 주의하십시오.

 

4. 실무 체크리스트(즉시 적용)·세무조사 대비 방어 전략

아래 10개 항목을 오늘 바로 점검하시고 내부 문서화·증빙을 정비하십시오.

(A) 정산명세와 세금계산서 매칭: 매월 플랫폼 정산표와 세금계산서를 1:1 대조.
(B) 공급자 구분표 작성: 카드사(PG사 여부)별로 ‘면세(금융) vs 과세(용역)’ 구분표 작성.
(C) 미등록 PG 점검: 결제대행업체 등록(FSS 전자금융업 등록) 여부 확인.
(D) 우대수수료 적용 여부 확인: 금융위원회·여신협회 공지로 대상·절차 확인.
(E) 매입세액 처리 규칙 문서화: 과세 공급자에 대해서만 매입세액 공제 적용.
(F) 회계 분개 템플릿: 수수료 확정 → 정산차감 → 입금 순으로 표준 분개를 템플릿화.
(G) 프로모션 귀속 명확화: 프로모션 비용이 업주 부담인지 플랫폼 차감인지 내부 결재 문서로 확정.
(H) 결제수단별 원가 분석: 카드/간편결제/현금별 실수령률을 분기별 집계.
(I) 고객 청구 금액 표준화: 수수료 표시는 고객에게 전가하지 않도록 가격정책 수립(법적 리스크 회피).
(J) 세무사 연 1회 점검: 대규모 수수료·PG 구조 변경 시 사전 자문.

 

핵심 결론
간편결제·카드수수료는 단순 비용이 아니라 공급자 성격과 과세 여부에 따라 세무·부가세 처리가 달라집니다. 카드사는 금융용역으로 면세되는 경우가 많아 매입세액 공제가 불가하며, PG사 수수료는 과세 여부와 증빙 발급 여부를 반드시 확인해야 합니다. 실무에서는 정산명세·세금계산서 대조, 수수료·프로모션 귀속 명확화, 미등록 PG 점검, 우대수수료 확인이 핵심이며, 이를 통해 세무 리스크를 최소화하고 비용 관리 효율을 높일 수 있습니다.