법인전환 시 개인사업자 비용의 승계·정리 전략

3줄 요약

• 법인전환은 단순 명의 변경이 아니라 재고·설비·무형자산 등 자산·부채 승계 방식에 따라 세무·현금흐름·감사리스크가 달라지는 전략적 결정입니다.
• 재고평가, 영업권·무형자산, 부수적 세목 등 핵심 쟁점에 대한 명확한 증빙과 외부 전문가 소견 확보가 필수입니다.
• 단계별 체크리스트와 시뮬레이션을 통해 전환 전후 모든 세무·회계 문제를 사전에 점검하고 기록을 체계적으로 관리해야 합니다.

 

법인전환은 단순히 명의만 바꾸는 절차가 아닙니다. 재고·장비·영업권·선급비용·미수금 등 온갖 자산·부채·증빙이 ‘어떻게’, ‘언제’, ‘어떤 평가기준으로’ 인계되는가에 따라 개인과 법인 양쪽의 세부담·현금흐름·감사리스크가 달라집니다. 아래 가이드는 (1) 주요 쟁점의 법리·실무 해석, (2) 실제로 적용 가능한 단계별 절차, (3) 구체적 증빙·분개 예시, (4) 방어전략과 체크리스트를 한데 모은 것입니다.

 

1. 법인전환 방식별 요약(각 방식이 비용·자산 승계에 미치는 핵심 차이)

법인전환 방식은 주로 네 가지로 구분되며, 방식에 따라 세무·회계 처리 방식이 달라집니다.

 

포괄양수도(사업 전체 양수도)

개인이 보유하던 재고·채권·설비·영업권 등을 법인에 포괄적으로 넘김. 실무상 가장 흔한 방식으로 영업연속성 유지에 유리하지만, 재고 등은 양도 시점의 시가상당액이 개인의 총수입금액에 산입될 수 있어 개인의 당해연도 과세가 발생합니다. 따라서 시가 산정 근거(재고실사표·매출가·원가표 등)를 문서로 남겨야 합니다.

 

현물출자(개인자산 → 법인 자본으로 편입)

개인 소유 자산을 법인 주식으로 바꾸는 방식. 조세특례제한법상의 이월과세(현물출자 특례)를 적용하면 개인의 양도소득 과세를 이연할 수 있으나, 요건·사후관리(감정·보고 등)가 까다롭습니다. 감정서·주주총회 결의 등 절차를 철저히 해야 합니다.

 

단순 신설법인 설립 후 거래 이관(매매·계약 이관)

개인이 폐업하고 법인이 새로 사업을 개시하는 형태입니다. 재고를 법인에 정식 매매로 넘기면 개인은 매각차익을 실현해 과세될 수 있고, 법인은 매입가로 취득하여 회계·세무처리합니다. 현금 유출이 문제일 수 있으니 지급계획을 세워야 합니다.

 

조세특례(이월과세) 등 특례 적용 케이스

특정 요건을 충족하면 세액 이연 또는 감면이 가능한 제도들이 있으므로, 전환 전 세법상 특례 적용 가능 여부를 검토해야 합니다.

 

2. 핵심 쟁점1: 재고자산(상품·원자재)의 평가와 세무영향

재고는 실무상 가장 문제를 일으키는 항목입니다.

왜 시가(공정가액)가 문제인가?

개인이 보유하던 재고를 법인에 넘길 때, 세법상 재고의 시가상당액이 개인의 총수입금액에 포함될 수 있습니다. 장부원가와 시가의 차액은 개인에게 과세소득을 유발할 수 있으므로, 시가 산정 근거(최근 판매가격, 유통가격, 거래사례, 외부감정 등)를 반드시 확보해야 합니다. 특히 재고가 부패·노후·진부화 가능성이 있다면 추가적인 할인(재고감모 등)을 문서화하여 시가를 합리적으로 산정해야 합니다.

 

권장되는 재고평가 절차

• 실지재고조사표 작성: 품목·수량·단가를 기록하고 담당자 서명.
• 원가계산 방식 명시: 선입선출(FIFO)·총평균법 등 적용 방식과 근거 명시. (회계기준에 따라 일관되게 적용)
• 시가 근거 수집: 최근 매출단가, 유통시장 가격, 외부 매매사례, 유통채널 가격표 등.
• 외부감정(필요시): 고가 재고 또는 분쟁 가능성이 있는 품목은 회계사·감정기관의 평가서를 받아 방어자료로 확보.

재고 관련 세무 체크포인트

• 매입세액 환급을 이미 받은 자산이 포함될 경우 부가세·추징 위험을 검토하세요.
• 재고를 낮은 장부가로 이관하려는 경우 국세청의 부당행위계산 적용 위험을 고려해 정당한 근거 확보.

 

3. 핵심 쟁점2: 영업권·무형자산과 그 평가

영업권(brand, 고객명부, 레시피 등)은 가치평가가 주관적이지만 법인 전환 시 중요한 자산입니다.

평가 근거: 초과이익할인법(DCF 방식), 비교사례법, 원가법 등. 외부 전문가(회계사·감정평가사) 의견서를 마련하면 국세청 대응력이 높아집니다.

회계·세무 처리: 현물출자 시에는 자본으로 편입되며, 무형자산은 일정기간 상각(또는 감가상각) 대상이 됩니다. 개인이 이전하면서 실현한 차익은 과세 대상이 될 수 있으므로, 거래가격·평가 근거를 문서화하세요.

 

4. 핵심 쟁점3: 취득세·등록세·부가가치세 등 부수적 세목 검토

법인전환 과정에서 놓치기 쉬운 세목들이 있습니다.

• 취득세·등록세(지방세): 부동산·차량 등 자산 이전 시 지방자치단체의 취득세 대상이 될 수 있습니다. 일부(과거)에는 현물출자 시 취득세 감면 규정이 있었고, 판례·행정해석에 따라 적용범위가 달라질 수 있으니 관할 시·군·구에 사전 확인 필요.
• 부가가치세: 개인 → 법인으로 자산을 매매하는 경우 공급에 해당하면 부가세 이슈 발생 가능. 특히 보조금·지원금이 얽히거나 결과물 귀속 이슈가 있는 경우 과세표준 포함 여부 신중히 판단.
• 기타: 원천징수(급여·용역 관계), 지방소득세, 이전과 관련된 신고·보고 의무(사업자등록·폐업신고)도 체크 필요.

 

5. 단계별 실무 체크리스트

아래 항목은 실행 가능한 순서로 정리한 체크리스트입니다. 각 항목을 완료할 때마다 스캔본(PDF)으로 저장하고, 파일명 규칙(예: YYYYMMDD_문서명_프로젝트)을 정해 관리하세요.

A. 전환 전(사전 준비 단계)

• 전환 목적(세무·운영·자금)을 내부 문서로 명확화.
• 전환 방식(최소 2안 이상)을 선정하고 총세부담(개인세+법인세+부가세+취득세) 시뮬레이션 수행.
• 재고·설비·무형자산 목록(품목·수량·장부가·구입일)을 만들어 실지조사 일정 수립.
• 외부 회계사·세무사(또는 감정평가사)에게 초기 자문 의뢰(특히 재고·영업권 평가).

B. 이관 실행 단계

• 재고 실사(2인 이상 참여, 사진·비디오 기록 권장) 및 실지조사표 작성.
• 시가 산정 근거 수집(최근 판매내역·시장가격표·거래명세서 등).
• 포괄양수도 계약서(또는 현물출자협약) 작성: 자산목록·평가방법·지급조건·환수·보증 조항 포함.
• 필요 시 감정평가서·평가보고서 확보(고가 자산·영업권 등).

C. 전환 후(정산·신고 단계)

• 개인의 폐업 신고 및 해당 연도 종합소득세 신고(양도소득·기타수입 반영).
• 법인의 사업자등록·자산 취득 신고 및 관련 지방세(취득세) 납부 준비.
• 세무조정명세서·회계주석에 전환 관련 사항 기재(보유 근거·평가방법·환수조건 등).
• 증빙패키지(계약서·감정서·실지조사표·사진·결재문서 등)를 프로젝트 폴더로 정리·보관(권장 보관기간: 최소 7년).

 

6. 방어전략 및 분쟁 대비(세무조사 대응)

• 외부 전문가 소견서 확보: 재고·영업권 등 쟁점 자산은 외부 감정평가서·회계사 소견 확보해 국세청 질의 대비.
• 증빙의 일관성: 계약·결재·지급(송금)·영수증 등은 타임스탬프 순으로 정렬해 사건의 인과관계 보여줄 수 있도록.
• 사전확인(사전심사): 필요한 경우 관할 세무서에 ‘사전유권해석’ 또는 세무사례 질의를 통해 불확실 쟁점 문서로 확인.

 

7. 결론 및 권장 행동

법인전환은 ‘전략적 의사결정’입니다. 세무·회계·법률 영향을 모두 반영한 시뮬레이션 없이 결정하지 마십시오.

재고·무형자산 평가는 증빙의 승부처입니다. 외부 감정·실사·판매내역 등 근거 확보.

현물출자·이월과세는 매력적이나 요건과 절차가 엄격하므로 전문 자문 통해 진행 권장.

전환 전후 발생 가능한 모든 세목(부가세·취득세·등록세·원천징수 등)을 포함한 총 세부담 시뮬레이션 반드시 실행.